Текущий выпуск Номер 5, 2026 Том 18

Все выпуски

Результаты поиска по 'benchmarking':
Найдено статей: 19
  1. Зеленков Г.А., Свириденко А.Б.
    Подход к разработке алгоритмов ньютоновских методов безусловной оптимизации, программная реализация и сравнение эффективности
    Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 3, с. 367-377

    Предложен подход к увеличению эффективности алгоритма Гилла и Мюррея к построению ньютоновских методов безусловной оптимизации с регулировкой шага, основанных на факторизации Холецкого. Доказано, что стратегия выбора направления спуска определяет и решение проблемы масштабирования шагов при спуске, и аппроксимацию не квадратичными функциями, и интеграцию с методом доверительной окрестности.

    Zelenkov G.A., Sviridenko A.B.
    Approach to development of algorithms of Newtonian methods of unconstrained optimization, their software implementation and benchmarking
    Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 3, pp. 367-377

    The approach to increase efficiency of Gill and Murray's algorithm of Newtonian methods of unconstrained optimization with step adjustment creation is offered, rests on Cholesky’s factorization. It is proved that the strategy of choice of the descent direction also determines the solution of the problem of scaling of steps at descent, and approximation by non-quadratic functions, and integration with a method of a confidential vicinity.

    Просмотров за год: 2. Цитирований: 7 (РИНЦ).
  2. Смирнов И.Е.
    Исследование сходимости метода конечных элементов для упругих волн в анизотропных средах
    Компьютерные исследования и моделирование, 2026, т. 18, № 5, с. 1081-1091

    В работе представлен подробный и систематический анализ сходимости метода конечных элементов при моделировании распространения упругих волн в анизотропных средах, обладающих ортотропной симметрией тензора упругости. Пространственная дискретизация основана на применении метода конечных элементов с квадратичными базисными функциями $P_2$ на неструктурированных тетраэдральных сетках, что обеспечивает гибкость при работе со сложными геометриями. Для интегрирования по времени используется схема Ньюмарка с параметрами $\beta = 0,302$, $\gamma = 0,6$; при этом выбор именно этой схемы не оказывает влияния на пространственную сходимость, которая является предметом настоящего исследования.

    Анализ сходимости выполнен на тестовой задаче с гладким локализованным начальным импульсом в полупространстве с граничными условиями свободной поверхности. Начальные условия подобраны таким образом, что решение остается гладким, а импульс не достигает границ расчетной области до момента сравнения решений. Это позволяет исключить влияние аппроксимации граничных условий на исследуемую сходимость и сосредоточиться исключительно на пространственной составляющей погрешности. Серия вычислительных расчетов проведена на шести последовательно сгущающихся неструктурированных сетках с числомтет раэдров от 39 728 до 372 904. Сравнение производилось с эталоннымрешением , полученным на существенно более мелкой сетке, что обеспечивает достаточную точность референсных данных. Для корректного вычисления нормы разности решения на всех сетках проецировались на единую грубую пространственную сетку.

    Установлено, что порядок сходимости в норме $L_2$ составляет 2,314 при использовании медианной длины ребра тетраэдров в качестве характерного размера сетки и 2,878 при использовании обратного кубического корня из числа элементов. Полученные значения свидетельствуют о хорошей сходимости реализованной численной схемы и подтверждают корректность предложенного подхода.

    Smirnov I.E.
    Convergence study of the finite element method for elastic waves in anisotropic media
    Computer Research and Modeling, 2026, v. 18, no. 5, pp. 1081-1091

    The paper presents a detailed and systematic convergence analysis of the finite element method for modeling elastic wave propagation in anisotropic media possessing orthotropic symmetry of the elasticity tensor. Spatial discretization is based on the application of the finite element method with quadratic basis functions $P_2$ on unstructured tetrahedral meshes, which provides flexibility in handling complex geometries. For time integration, the Newmark scheme with parameters $\beta = 0.302$, $\gamma = 0.6$ is used; however, the choice of this particular scheme does not affect the spatial convergence, which is the subject of the present study.

    The convergence analysis is performed on a benchmark problem with a smooth localized initial pulse in a half-space with free-surface boundary conditions. The initial conditions are chosen such that the solution remains smooth and the pulse does not reach the boundaries of the computational domain until the moment of solution comparison. This allows one to eliminate the influence of boundary condition approximation on the studied convergence and to focus exclusively on the spatial component of the error. A series of computational calculations is carried out on six successively refined unstructured meshes with the number of tetrahedra ranging from 39 728 to 372 904. The comparison is performed against a reference solution obtained on a substantially finer mesh, which ensures sufficient accuracy of the reference data. To correctly compute the norm of the difference, the solutions on all meshes were projected onto a common coarse spatial mesh.

    It is established that the convergence order in the $L_2$ norm is 2.314 when using the median edge length of tetrahedra as the characteristic mesh size, and 2.878 when using the inverse cube root of the number of elements. The obtained values indicate good convergence of the implemented numerical scheme and confirm the correctness of the proposed approach.

  3. Печенюк А.В.
    Эталонное тестирование ПК FlowVision в задаче моделирования обтекания судна
    Компьютерные исследования и моделирование, 2014, т. 6, № 6, с. 889-899

    В области судостроения наиболее авторитетные рекомендации по тестированию и аттестации численных методов были выработаны в рамках международного семинара по проблемам численного моделирования обтекания судового корпуса вязким потоком, который раз в пять лет проходит поочередно в Гетеборге (Швеция) и Токио (Япония). На семинаре «Гетеборг–2000» были предложены три судовых корпуса с современной формой обводов, снабженные надежными экспериментальными данными. Среди них наиболее общий случай представляет контейнеровоз KCS — судно средней быстроходности с умеренной полнотой обводов. В работе изложены результаты численного исследования обтекания корпуса KCS с помощью ПК FlowVision, выполненного согласно стандартным процедурам семинара. Полученные результаты сопоставлены с данными эксперимента и результатами расчетов в других ведущих ПК.

    Pechenyuk A.V.
    Benchmarking of CEA FlowVision in ship flow simulation
    Computer Research and Modeling, 2014, v. 6, no. 6, pp. 889-899

    In the field of naval architecture the most competent recommendations in verification and validation of the numerical methods were developed within an international workshop on the numerical prediction of ship viscous flow which is held every five years in Gothenburg (Sweden) and Tokyo (Japan) alternately. In the workshop “Gothenburg–2000” three modern hull forms with reliable experimental data were introduced as test cases. The most general case among them is a containership KCS, a ship of moderate specific speed and fullness. The paper focuses on a numerical research of KCS hull flow, which was made according to the formal procedures of the workshop with the help of CEA FlowVision. Findings were compared with experimental data and computational data of other key CEA.

    Просмотров за год: 1. Цитирований: 5 (РИНЦ).
  4. Jarrah A.A., Ejjbiri H., Lubashevskiy V.
    Iterative diffusion importance: advancing edge criticality evaluation in complex networks
    Компьютерные исследования и моделирование, 2025, т. 17, № 5, с. 783-797

    This paper is devoted to the problem of edge criticality identification and ranking in complex networks, which is a part of a modern research direction in the novel network science. The diffusion importance belongs to the set of acknowledged methods that help to identify the significant connections in the graph that are critical to retaining structural integrity. In the present work, we develop the Iterative Diffusion Importance algorithm that is based on the re-estimation of critical topological features at each step of the graph deconstruction. The Iterative Diffusion Importance has been compared with methods such as diffusion importance and degree product, which are two very well-known benchmark algorithms. As for benchmark networks, we tested the Iterative Diffusion Importance on three standard networks, such as Zachary’s Karate Club, the American Football Network, and the Dolphins Network, which are often used for algorithm efficiency evaluation and are different in size and density. Also, we proposed a new benchmark network representing the airplane communication between Japan and the US. The numerical experiment on finding the ranking of critical edges and the following network decomposition demonstrated that the proposed Iterative Diffusion Importance exceeds the conventional diffusion importance by the efficiency for 2–35% depending on the network complexity, the number of nodes, and the number of edges. The only drawback of the Iterative Diffusion Importance is an increase in computation complexity and hencely in the runtime, but this drawback can be easily compensated for by the preliminary planning of the network deconstruction or protection and by reducing the re-evaluation frequency of the iterative process.

    Jarrah A.A., Ejjbiri H., Lubashevskiy V.
    Iterative diffusion importance: advancing edge criticality evaluation in complex networks
    Computer Research and Modeling, 2025, v. 17, no. 5, pp. 783-797

    This paper is devoted to the problem of edge criticality identification and ranking in complex networks, which is a part of a modern research direction in the novel network science. The diffusion importance belongs to the set of acknowledged methods that help to identify the significant connections in the graph that are critical to retaining structural integrity. In the present work, we develop the Iterative Diffusion Importance algorithm that is based on the re-estimation of critical topological features at each step of the graph deconstruction. The Iterative Diffusion Importance has been compared with methods such as diffusion importance and degree product, which are two very well-known benchmark algorithms. As for benchmark networks, we tested the Iterative Diffusion Importance on three standard networks, such as Zachary’s Karate Club, the American Football Network, and the Dolphins Network, which are often used for algorithm efficiency evaluation and are different in size and density. Also, we proposed a new benchmark network representing the airplane communication between Japan and the US. The numerical experiment on finding the ranking of critical edges and the following network decomposition demonstrated that the proposed Iterative Diffusion Importance exceeds the conventional diffusion importance by the efficiency for 2–35% depending on the network complexity, the number of nodes, and the number of edges. The only drawback of the Iterative Diffusion Importance is an increase in computation complexity and hencely in the runtime, but this drawback can be easily compensated for by the preliminary planning of the network deconstruction or protection and by reducing the re-evaluation frequency of the iterative process.

  5. Хубиев К.Ю., Холодов Я.А., Петренко А.С.
    Анализ применимости QUBO-алгоритмов в области информационной безопасности. Достоинства и недостатки
    Компьютерные исследования и моделирование, 2026, т. 18, № 5, с. 1129-1159

    Квадратичная неограниченная бинарная оптимизация (QUBO) зарекомендовала себя в качестве эффективного инструмента для решения NP-трудных задач в области информационной безопасности. В QUBO-формулировке задача описывается в виде квадратичной функции бинарных переменных, минимум которой соответствует оптимальному решению. Такая запись учитывает линейные (индивидуальное влияние) и квадратичные (парные взаимодействия) зависимости. Особенно примечательно, что QUBO-алгоритмы можно имплементировать в квантовые вычислительные устройства на основе отжига, например D-Wave, которые позволяют найти собственное состояние гамильтониана соответствующей модели Изинга посредством квантовых или гибридных алгоритмов. При этом решение QUBO-задачи можно получить и на полностью классической архитектуре. Такие алгоритмы называют квантово вдохновленными, потому что они имитируют физические явления. Примером таких квантово вдохновленных алгоритмов являются симулированный отжиг (Simulated Annealing, SA) и симулированные бифуркации (Simulated Bifurcation, SB). За последние 5–7 лет большое количество работ было посвящено применению QUBO-формулировки для разнообразных задач информационной безопасности, начиная от взлома ключей безопасности до детекции атак, с целью доказать эффективность новых вычислительных парадигм. В данном исследовании мы анализируем эти работы, сгруппировав их по области применения и выделяя архитектурные подходы (квантовая, гибридная, классическая) в каждом сценарии. Мы уделяем внимание тому, как задача была переформулирована в QUBO-постановку или модель Изинга, анализируем ключевые стратегии решения и полученные результаты на оптимальность, масштабируемость, сложность. Мы выделяем основные преимущества и недостатки каждой QUBO-постановки в контексте информационной безопасности и в заключение обсуждаем актуальные задачи и перспективные направления для исследований.

    Khubiev K.Yu., Kholodov Y.A., Petrenko A.S.
    A comprehensive review of common QUBO solvers in the cybersecurity domain. Advantages and disadvantages
    Computer Research and Modeling, 2026, v. 18, no. 5, pp. 1129-1159

    Quadratic Unconstrained Binary Optimization (QUBO) provides a common modeling framework for combinatorial optimization problems arising in cybersecurity. This review analyzes how cryptanalytic constraints, anomaly-detection objectives, network-defense tasks and cyber-risk models can be encoded as QUBO or equivalent Ising formulations. We compare three classes of solvers used in the literature: physical quantum annealers, hybrid quantum-classical workflows and quantum-inspired classical heuristics such as simulated annealing and simulated bifurcation. Particular attention is paid to the gap between formal QUBO expressiveness and practical solvability on current hardware, including embedding overhead, limited connectivity, noise and scaling constraints. The reviewed studies are grouped by application domain and assessed in terms of model size, solution quality, runtime indicators and reproducibility of computational settings. We show that QUBO is already useful as a unifying language for cybersecurity optimization, while near-term practical advantages are most plausible in hybrid and quantum-inspired settings rather than in fully quantum implementations. The review concludes by outlining open problems in QUBO construction, decomposition, sparsification and benchmarking for cybersecurity applications.

  6. Садин Д.В.
    Анализ диссипативных свойств гибридного метода крупных частиц для структурно сложных течений газа
    Компьютерные исследования и моделирование, 2020, т. 12, № 4, с. 757-772

    Изучаются вычислительные свойства параметрического класса конечно-объемных схем с настраиваемыми диссипативными свойствами с расщеплением по физическим процессам на лагранжев, эйлеров и заключительный этапы (гибридный метод крупных частиц). Метод обладает вторым порядком аппроксимации по пространству и времени на гладких решениях. Регуляризация численного решения на лагранжевом этапе осуществляется нелинейной коррекцией искусственной вязкости, величина которой, независимо от разрешения сетки, стремится к нулю вне зоны разрывови экстремумовв решении. На эйлеровом и заключительном этапе вначале реконструируются примитивные переменные (плотность, скорость и полная энергия) путем взвешенной ограничителем потоков аддитивной комбинации противопоточной и центральной аппроксимаций. Затем из них формируются численные дивергентные потоки. При этом выполняются дискретные аналоги законов сохранения.

    Выполнен анализ диссипативных свойств метода с использованием известных ограничителей вязкости и потоков, а также их линейной комбинации. Разрешающая способность схемы и качество численных решений продемонстрированы на примерах двумерных тестов с обтеканием ступеньки потоком газа с числами Маха 3, 10 и 20, двойным маховским отражением сильной ударной волны и с импульсным сжатием газа. Изучено влияние схемной вязкости метода на численное воспроизведение неустойчивости на контактных поверхностях газов. Установлено, что уменьшение уровня диссипативных свойств схемы в задаче с импульсным сжатием газа приводит к разрушению симметричного решения и формированию хаотической неустойчивости на контактной поверхности.

    Численные решения сопоставлены с результатами других авторов, полученных по схемам повышенного порядка аппроксимации: КАБАРЕ, HLLC (Harten Lax van Leer Contact), CFLFh (CFLF hybrid scheme), JT (centered scheme with limiter by Jiang and Tadmor), PPM (Piecewise Parabolic Method), WENO5 (weighted essentially non-oscillatory scheme), RKGD (Runge–Kutta Discontinuous Galerkin), с гибридной взвешенной нелинейной интерполяцией CCSSR-HW4 и CCSSR-HW6. К достоинствам гибридного метода крупных частиц относятся расширенные возможности решения задач гиперболического и смешанного типов, хорошее соотношение диссипативных и дисперсионных свойств, сочетание алгоритмической простоты и высокой разрешающей способности в задачах со сложной ударно-волновой структурой, развитием неустойчивости и вихреобразованием на контактных границах.

    Sadin D.V.
    Analysis of dissipative properties of a hybrid large-particle method for structurally complicated gas flows
    Computer Research and Modeling, 2020, v. 12, no. 4, pp. 757-772

    We study the computational properties of a parametric class of finite-volume schemes with customizable dissipative properties with splitting by physical processes into Lagrangian, Eulerian, and the final stages (the hybrid large-particle method). The method has a second-order approximation in space and time on smooth solutions. The regularization of a numerical solution at the Lagrangian stage is performed by nonlinear correction of artificial viscosity. Regardless of the grid resolution, the artificial viscosity value tends to zero outside the zone of discontinuities and extremes in the solution. At Eulerian and final stages, primitive variables (density, velocity, and total energy) are first reconstructed by an additive combination of upwind and central approximations weighted by a flux limiter. Then numerical divergent fluxes are formed from them. In this case, discrete analogs of conservation laws are performed.

    The analysis of dissipative properties of the method using known viscosity and flow limiters, as well as their linear combination, is performed. The resolution of the scheme and the quality of numerical solutions are demonstrated by examples of two-dimensional benchmarks: a gas flow around the step with Mach numbers 3, 10 and 20, the double Mach reflection of a strong shock wave, and the implosion problem. The influence of the scheme viscosity of the method on the numerical reproduction of a gases interface instability is studied. It is found that a decrease of the dissipation level in the implosion problem leads to the symmetric solution destruction and formation of a chaotic instability on the contact surface.

    Numerical solutions are compared with the results of other authors obtained using higher-order approximation schemes: CABARET, HLLC (Harten Lax van Leer Contact), CFLFh (CFLF hybrid scheme), JT (centered scheme with limiter by Jiang and Tadmor), PPM (Piecewise Parabolic Method), WENO5 (weighted essentially non-oscillatory scheme), RKGD (Runge –Kutta Discontinuous Galerkin), hybrid weighted nonlinear schemes CCSSR-HW4 and CCSSR-HW6. The advantages of the hybrid large-particle method include extended possibilities for solving hyperbolic and mixed types of problems, a good ratio of dissipative and dispersive properties, a combination of algorithmic simplicity and high resolution in problems with complex shock-wave structure, both instability and vortex formation at interfaces.

  7. В данной статье исследуется эффективность применения технологии Retrieval-Augmented Generation (RAG) в сочетании с различными большими языковыми моделями (LLM) для поиска документов и получения информации в корпоративных информационных системах. Рассматриваются варианты использования LLM в корпоративных системах, архитектура RAG, характерные проблемы интеграции LLM в RAG-систему. Предлагается архитектура системы, включающая в себя векторный энкодер текстов и LLM. Энкодер используется для создания векторной базы данных, индексирующей библиотеку корпоративных документов. Запрос, передаваемый LLM, дополняется релевантным ему контекстом из библиотеки корпоративных документов, извлекаемым с использованием векторной базы данных и библиотеки FAISS. Большая языковая модель принимает запрос пользователя и формирует ответ на основе переданных в контексте запроса данных. Рассматриваются общая структура и алгоритм функционирования предлагаемого решения, реализующего архитектуру RAG. Обосновывается выбор LLM для исследования и проводится анализ результативности использования популярных LLM (ChatGPT, GigaChat, YandexGPT, Llama, Mistral, Qwen и др.) в качестве компонента для генерации ответов. На основе тестового набора вопросов методом экспертных оценок оцениваются точность, полнота, грамотность и лаконичность ответов, предоставляемых рассматриваемыми моделями. Анализируются характеристики отдельных моделей, полученные в результате исследования. Приводится информация о средней скорости отклика моделей. Отмечается существенное влияние объема доступной памяти графического адаптера на производительность локальных LLM. На основе интегрального показателя качества формируется общий рейтинг LLM. Полученные результаты подтверждают эффективность предложенной архитектуры RAG для поиска документов и получения информации в корпоративных информационных системах. Были определены возможные направления дальнейших исследований в этой области: дополнение контекста, передаваемого LLM, и переход к архитектуре на базе LLM-агентов. В заключении представлены рекомендации по выбору оптимальной конфигурации RAG и LLM для построения решений, обеспечивающих быстрый и точный доступ к информации в рамках корпоративных информационных систем.

    Antonov I.V., Bruttan I.V.
    Using RAG technology and large language models to search for documents and obtain information in corporate information systems
    Computer Research and Modeling, 2025, v. 17, no. 5, pp. 871-888

    This paper investigates the effectiveness of Retrieval-Augmented Generation (RAG) combined with various Large Language Models (LLMs) for document retrieval and information access in corporate information systems. We survey typical use-cases of LLMs in enterprise environments, outline the RAG architecture, and discuss the major challenges that arise when integrating LLMs into a RAG pipeline. A system architecture is proposed that couples a text-vector encoder with an LLM. The encoder builds a vector database that indexes a library of corporate documents. For every user query, relevant contextual fragments are retrieved from this library via the FAISS engine and appended to the prompt given to the LLM. The LLM then generates an answer grounded in the supplied context. The overall structure and workflow of the proposed RAG solution are described in detail. To justify the choice of the generative component, we benchmark a set of widely used LLMs — ChatGPT, GigaChat, YandexGPT, Llama, Mistral, Qwen, and others — when employed as the answer-generation module. Using an expert-annotated test set of queries, we evaluate the accuracy, completeness, linguistic quality, and conciseness of the responses. Model-specific characteristics and average response latencies are analysed; the study highlights the significant influence of available GPU memory on the throughput of local LLM deployments. An overall ranking of the models is derived from an aggregated quality metric. The results confirm that the proposed RAG architecture provides efficient document retrieval and information delivery in corporate environments. Future research directions include richer context augmentation techniques and a transition toward agent-based LLM architectures. The paper concludes with practical recommendations on selecting an optimal RAG–LLM configuration to ensure fast and precise access to enterprise knowledge assets.

  8. Шильков А.В., Герцев М.Н., Аристова Е.Н., Шилькова С.В.
    Методика эталонных «line-by-line» расчетов атмосферной радиации
    Компьютерные исследования и моделирование, 2012, т. 4, № 3, с. 553-562

    В работе описана методика «line-by-line» расчета тепловой радиации Земли и земной атмосферы. Расчет пространственно-углового распределения радиации производится численным интегрированием кинетического уравнения переноса излучения и уравнений для угловых моментов методом квазидиффузии. В качестве исходных данных для восстановления оптических параметров атмосферы используется банк линий молекулярного поглощения HITRAN [Rothman et al., 2009].

    Shilkov A.V., Gertsev M.N., Aristova E.N., Shilkova S.V.
    Benchmark «line-by-line» calculations of atmospheric radiation
    Computer Research and Modeling, 2012, v. 4, no. 3, pp. 553-562

    The paper presents the methodology of «line-by-line» calculations of the Earth and atmosphere thermal radiation. Intensity of radiation is computed by numerical integration of the radiative transfer kinetic equation and the system of the angular momentum equations using quasi-diffusion method. Data from HITRAN molecular spectroscopic database [Rothman et al., 2009] are used to calculate the atmosphere optical parameters.

    Просмотров за год: 4. Цитирований: 3 (РИНЦ).
  9. Брацун Д.А., Бузмаков М.Д.
    Репрессилятор с запаздывающей экспрессией генов. Часть II. Стохастическое описание
    Компьютерные исследования и моделирование, 2021, т. 13, № 3, с. 587-609

    Репрессилятором называют первую в синтетической биологии генную регуляторную сеть, искусственно сконструированную в 2000 году. Он представляет собой замкнутую малоразмерную цепь из трех генов: $lacI$, $\lambda cI$ и $tetR$, которые в такой комбинации в природе не встречаются. Промотор каждого гена контролирует следующий за ним цистрон по принципу отрицательной обратной связи, подавляя экспрессию соседнего гена. Ранее в работе [Брацун и др., 2018] была предложена математическая модель запаздывающего репрессилятора и изучены ее свойства в рамках детерминистского описания. Предполагается, что запаздывание может быть как естественным, т. е. возникать во время процессов транскрипции/трансляции в силу многоступенчатого характера этих процессов, так и искусственным, т. е. специально вноситься в работу регуляторной сети с помощью методов генной инженерии. Данная работа посвящена стохастическому описанию динамических процессов в запаздывающем репрессиляторе, которое является важным дополнением детерминистского анализа из-за сильных флуктуаций и небольшого числа молекул, принимающих обычно участие в генной регуляции. Стохастическое исследование было проведено численно с помощью алгоритма Гиллеспи, модифицированного для систем с запаздыванием. Приводятся описание алгоритма, его программная реализация и результаты тестовых расчетов для одногенного авторепрессора с запаздыванием. При исследовании репрессилятора обнаружено, что стохастическое описание в ряде случаев дает новую информацию о поведении системы, которая не сводится к детерминистской динамике даже при усреднении по большому числу реализаций. В подкритической области, где детерминистский анализ предсказывает абсолютную устойчивость системы, было обнаружено возбуждение квазирегулярных колебаний, вызываемых нелинейным взаимодействием шума и запаздывания. Выше порога возникновения неустойчивости обнаружено спонтанное изменение фазы колебаний из-за внезапной временной деградации этих колебаний. Ранее в детерминистском анализе был обнаружен долгоживущий переходный режим, который отвечает движению фазовой траектории по медленному многообразию и отражает процесс длительной синхронизации пульсаций в работе отдельных генов. Показано, что в стохастическом случае переход к кооперативному режиму работы генов репрессилятора происходит в среднем на два порядка быстрее. Построено распределение вероятности соскока фазовой траектории с медленного многообразия и определено наиболее вероятное время такого перехода. Обсуждается влияние внутреннего шума химических реакций на динамические свойства репрессилятора.

    Bratsun D.A., Buzmakov M.D.
    Repressilator with time-delayed gene expression. Part II. Stochastic description
    Computer Research and Modeling, 2021, v. 13, no. 3, pp. 587-609

    The repressilator is the first genetic regulatory network in synthetic biology, which was artificially constructed in 2000. It is a closed network of three genetic elements $lacI$, $\lambda cI$ and $tetR$, which have a natural origin, but are not found in nature in such a combination. The promoter of each of the three genes controls the next cistron via the negative feedback, suppressing the expression of the neighboring gene. In our previous paper [Bratsun et al., 2018], we proposed a mathematical model of a delayed repressillator and studied its properties within the framework of a deterministic description. We assume that delay can be both natural, i.e. arises during the transcription / translation of genes due to the multistage nature of these processes, and artificial, i.e. specially to be introduced into the work of the regulatory network using gene engineering technologies. In this work, we apply the stochastic description of dynamic processes in a delayed repressilator, which is an important addition to deterministic analysis due to the small number of molecules involved in gene regulation. The stochastic study is carried out numerically using the Gillespie algorithm, which is modified for time delay systems. We present the description of the algorithm, its software implementation, and the results of benchmark simulations for a onegene delayed autorepressor. When studying the behavior of a repressilator, we show that a stochastic description in a number of cases gives new information about the behavior of a system, which does not reduce to deterministic dynamics even when averaged over a large number of realizations. We show that in the subcritical range of parameters, where deterministic analysis predicts the absolute stability of the system, quasi-regular oscillations may be excited due to the nonlinear interaction of noise and delay. Earlier, we have discovered within the framework of the deterministic description, that there exists a long-lived transient regime, which is represented in the phase space by a slow manifold. This mode reflects the process of long-term synchronization of protein pulsations in the work of the repressilator genes. In this work, we show that the transition to the cooperative mode of gene operation occurs a two order of magnitude faster, when the effect of the intrinsic noise is taken into account. We have obtained the probability distribution of moment when the phase trajectory leaves the slow manifold and have determined the most probable time for such a transition. The influence of the intrinsic noise of chemical reactions on the dynamic properties of the repressilator is discussed.

  10. Сорокин К.Э., Аксёнов А.А., Жлуктов С.В., Бабулин А.А., Шевяков В.И.
    Методика расчета обледенения воздушных судов в широком диапазоне климатических и скоростных параметров. Применение в рамках норм летной годности НЛГ-25
    Компьютерные исследования и моделирование, 2023, т. 15, № 4, с. 957-978

    Сертификация самолетов транспортной категории для эксплуатации в условияхо бледенения в России ранее проводилась в рамках требований приложения С к «Авиационным правилам» (АП-25). Во введенном в действие с 2023 года, взамен АП-25, документе «Нормы летной годности» (НЛГ-25) добавлено и приложение О. Отличительной особенностью приложения О является необходимость проведения расчетов в условиях большой водности и с крупными каплями воды (500 мкм и более). При таких параметрах дисперсного потока определяющими становятся такие физические процессы, как срыв и разбрызгивание пленки воды при попадании в нее крупных капель. Поток дисперсной среды в такиху словиях является существенно полидисперсным. В данной работе описываются модификации методики расчета обледенения самолетов IceVision, реализованной на базе программного комплекса FlowVision, необходимые для проведения расчетов обледенения самолетов в рамках приложения О.

    Главное отличие методики IceVision от известных подходов заключается в использовании технологии Volume of fluid (VOF — объем жидкости в ячейке) для отслеживания изменения формы льда. Внешнее обтекание самолета рассчитывается одновременно с нарастанием льда и его прогревом. Лед присутствует в расчетной области явно, в нем решается уравнение теплопереноса. В отличие от лагранжевых подходов, в IceVision эйлерова расчетная сетка не перестраивается полностью. Изменение объема льда сопровождается только модификацией ячеек сетки, через которые проходит контактная поверхность.

    В версии IceVision 2.0 реализован учет срыва водяной пленки, а также отскока и разбрызгивания падающих капель на поверхности самолета и льда. Диаметр вторичных капель рассчитывается с использованием известных эмпирических корреляций. Скорость течения пленки воды по поверхности определяется с учетом действия аэродинамических сил, силы тяжести, градиента гидростатического давления и силы поверхностного натяжения. Результатом учета поверхностного натяжения является эффект поперечного стягивания пленки, приводящий к образованию потоков воды в форме ручейков и ледяных отложений в виде гребнеобразных наростов. На поверхности льда выполняется балансовое соотношение, учитывающее энергию падающих капель, теплообмен между льдом и воздухом, теплоту кристаллизации, испарения, сублимации и конденсации. В работе приводятся результаты решения тестовых и модельных расчетных задач, демонстрирующие эффективность методики IceVision и достоверность полученных результатов.

    Sorokin K.E., Aksenov A.A., Zhluktov S.V., Babulin A.A., Shevyakov V.I.
    Methodology of aircraft icing calculation in a wide range of climate and speed parameters. Applicability within the NLG-25 airworthiness standards
    Computer Research and Modeling, 2023, v. 15, no. 4, pp. 957-978

    Certifying a transport airplane for the flights under icing conditions in Russia was carried out within the framework of the requirements of Annex С to the AP-25 Aviation Rules. In force since 2023 to replace AP-25 the new Russian certification document “Airworthiness Standards” (NLG-25) proposes the introduction of Appendix O. A feature of Appendix O is the need to carry out calculations in conditions of high liquid water content and with large water drops (500 microns or more). With such parameters of the dispersed flow, such physical processes as the disruption and splashing of a water film when large drops enter it become decisive. The flow of a dispersed medium under such conditions is essentially polydisperse. This paper describes the modifications of the IceVision technique implemented on the basis of the FlowVision software package for the ice accretion calculations within the framework of Appendix O.

    The main difference between the IceVision method and the known approaches is the use of the Volume of fluid (VOF) technology to the shape of ice changes tracking. The external flow around the aircraft is calculated simultaneously with the growth of ice and its heating. Ice is explicitly incorporated in the computational domain; the heat transfer equation is solved in it. Unlike the Lagrangian approaches, the Euler computational grid is not completely rebuilt in the IceVision technique: only the cells containing the contact surface are changed.

    The IceVision 2.0 version accounts for stripping the film, as well as bouncing and splashing of falling drops at the surfaces of the aircraft and ice. The diameter of secondary droplets is calculated using known empirical correlations. The speed of the water film flow over the surface is determined taking into account the action of aerodynamic forces, gravity, hydrostatic pressure gradient and surface tension force. The result of taking into account surface tension is the effect of contraction of the film, which leads to the formation of water flows in the form of rivulets and ice deposits in the form of comb-like growths. An energy balance relation is fulfilled on the ice surface that takes into account the energy of falling drops, heat exchange between ice and air, the heat of crystallization, evaporation, sublimation and condensation. The paper presents the results of solving benchmark and model problems, demonstrating the effectiveness of the IceVision technique and the reliability of the obtained results.

Страницы: следующая

Журнал индексируется в Scopus

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.