Текущий выпуск Номер 5, 2026 Том 18

Все выпуски

[ Switch to English ]

Анализ сходимости молекулярно-динамических траекторий неструктурированных участков белков на примере C-концевых фрагментов белков $\alpha$-тубулина и FtsZ

Вольхин И.А., Федоров В.А., Орехов Ф.С., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б.
 pdf (5986K)

Неструктурированные белки (IDPs) и неструктурированные участки белков (IDRs) представляют собой крайне важные, но сложные для изучения традиционными способами области протеома. Метод полноатомной молекулярной динамики, широко применяемый для семплирования конфигурационных пространств белков, требует существенных вычислительных ресурсов, особенно в случае неструктурированных участков белков из-за большого числа доступных им конформаций. В данной работе мы предлагаем метод оценки времени сходимости молекулярно-динамических траекторий, основанный на вычислении интеграла перекрывания между ансамблями в пространстве главных компонент. В качестве модельных систем используются C-концевые неструктурированные участки белков цитоскелета $\alpha$-тубулина и FtsZ. В то время как 3 мкс моделирования оказывается достаточно для сходимости короткого фрагмента $\alpha$-тубулина, протяженный участок FtsZ демонстрирует явные признаки недостатка семплирования, что указывает на необходимость существенно больших времен моделирования или методов улучшенной выборки для получения статистически надежного конформационного ансамбля протяженных неструктурированных фрагментов белков такого типа. Предложенный нами метод можно использовать для выявления сходимости ансамблей неструктурированных участков белков, полученных методом полноатомной молекулярной динамики.

Ключевые слова: неструктурированные участки белков, молекулярная динамика, тубулин, FtsZ
Цитата: Вольхин И.А., Федоров В.А., Орехов Ф.С., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б. Анализ сходимости молекулярно-динамических траекторий неструктурированных участков белков на примере C-концевых фрагментов белков $\alpha$-тубулина и FtsZ // Компьютерные исследования и моделирование, 2026, т. 18, № 5, с. 1329-1346
Citation in English: Volkhin I.A., Fedorov V.A., Orekhov P.S., Gudimchuk N.B., Kovalenko I.B. Convergence analysis of molecular dynamics trajectories of intrinsically disordered protein regions using the C-terminal fragments of the proteins $\alpha$-tubulin and FtsZ as an example // Computer Research and Modeling, 2026, vol. 18, no. 5, pp. 1329-1346
DOI: 10.20537/2076-7633-2026-18-5-1329-1346
URL: http://crm.ics.org.ru/journal/article/3783/
Creative Commons License Статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NoDerivs 3.0 Unported License.

Copyright © 2026 Вольхин И.А., Федоров В.А., Орехов Ф.С., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б.

Журнал индексируется в Scopus

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в систему  Российского индекса научного цитирования.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Website Copyright © 2009–2026 Институт компьютерных исследований