Наиболее цитируемые статьи (РИНЦ)

321. Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л., Нечипуренко Ю.Д.
     [СТАТЬЯ РЕТРАГИРОВАНА] Математические методы анализа электрофоретических картин расщепления ДНК
     Компьютерные исследования и моделирование, 2009, т. 1, № 3, с. 287-295

     Статья была ретрагирована 3 мая 2022 года по просьбе авторов в связи с тем, что включенные в статью данные были опубликованы в статье Нечипуренко Ю.Д., Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Характерные особенности расщепления ДНК ультразвуком. Журнал структурной химии, 2009, том 50, номер 5, страницы 1045-1052.

     Просмотров за год: 3. Цитирований: 1 (РИНЦ).
322. Шувалова Е.В.
     Квантовые и классические модели в применении к задаче биологической активности о переходе частиц через нестационарные барьеры
     Компьютерные исследования и моделирование, 2009, т. 1, № 3, с. 337-351

     Большинство биологических задач находятся в области температур, где квантовые и классические эффекты равноценны или в классической области, где квантовые эффекты проступают как незначительные добавки или модуляции. Степень проявления квантового и классического режимов рассмотрена в работе на примере одной из важнейших задач биологической активности молекул - задачи о переходах частиц через барьеры. Подходя к задаче о переходе частицы через нестационарный барьер (с параметрами, характерными для биологических проблем) с различных позиций (квантовой и классической), мы получили одинаковый результат: динамика частицы характеризуется релаксацией за время, сравнимое с диффузионным.

     Ключевые слова: биологическая активность молекул, переход частиц через барьеры.
     Цитирований: 1 (РИНЦ).
323. Борисов А.В., Трифонов А.Ю., Шаповалов А.В.
     Квазиклассические решения уравнения Гросса–Питаевского, локализованные в окрестности окружности
     Компьютерные исследования и моделирование, 2009, т. 1, № 4, с. 359-365

     В квазиклассическом приближении показано, что для конденсата Бозе–Эйнштейна, моделируемого уравнением Гросса–Питаевского с притягивающей нелинейностью при специальной конфигурации внешнего поля магнитной ловушки, возможны неколлапсирующие солитоноподобные волновые функции.

     Ключевые слова: уравнение Гросса–Питаевского, бозе-эйнштейновский конденсат, магнитооптическая ловушка.
     Цитирований: 1 (РИНЦ).
324. Ширков П.Д., Зубанов А.М.
     Двухстадийные однократные ROW-методы с комплексными коэффициентами для автономных систем ОДУ
     Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 1, с. 19-32

     Для автономных систем ОДУ рассмотрено простейшее подмножество двухстадийных схем Розенброка с комплексными коэффициентами, численная реализация которых требует одного LU-разложения и одного вычисления Якобиана за шаг интегрирования.

     Проведено теоретическое исследование точности и устойчивости таких методов. Получены новые A-устойчивые методы 3-го порядка точности с различными свойствами и возможностью простой оценки главного терма локальной погрешности, что необходимо для автоматического выбора шага. Проведено тестирование новых методов.

     Ключевые слова: жесткие системы, схемы с комплексными коэффициентами, А-устойчивость.
     Цитирований: 1 (РИНЦ).
325. Глякина А.В., Галзитская О.В., Балабаев Н.К.
     Исследование механических свойств иммуноглобулинсвязывающих доменов белков L и G методом молекулярной динамики
     Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 1, с. 73-81

     Механическое разворачивание под действием внешних сил двух похожих по пространственной структуре, но отличающихся по аминокислотной последовательности иммуноглобулинсвязывающих доменов белков L и G исследуется методом молекулярной динамики с использованием явной модели растворителя. Рассчитаны механические характеристики этих белков. Показано, что на пути механического разворачивания обоих белков появляются промежуточные состояния. Проведенные расчеты выявили три существенно различающихся пути механического разворачивания белков L и G.

     Ключевые слова: молекулярная динамика, механическое разворачивание, контакты между элементами вторичной структуры.
     Цитирований: 1 (РИНЦ).
326. Романовский М.Ю., Видов П.В., Пыркин В.А.
     Является ли тик элементарным прыжком в схеме случайных блужданий на фондовом рынке?
     Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 2, с. 219-223

     В работе экспериментально исследовалось среднее время между элементарными прыжками доходности различных акций на российском фондовом рынке. Исходя из скейлинга плотности распределения доходностей на разных временных масштабах, удалось показать, что элементарным прыжком в модели случайных блужданий для доходностей финансовых инструментов является единичное изменение цены (тик), соответствующее совершению одной сделки с инструментом на фондовой бирже.

     Ключевые слова: случайные блуждания, флуктуации доходности, распределение Леви.
     Просмотров за год: 3. Цитирований: 1 (РИНЦ).
327. Юркин А.В.
     Траектории лучей, биномиальные коэффициенты нового вида и двоичная система счисления
     Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 4, с. 359-397

     Предложен новый алгоритм построения нелинейного арифметического треугольника на основе численного моделирования и двоичной системы счисления. Показано, что числа, заполняющие нелинейный арифметический треугольник, могут являться биномиальными коэффициентами нового вида. Проведена аналогия с биномиальными коэффициентами, вычисляемыми с помощью треугольника Паскаля. Дана геометрическая интерпретация биномов различных видов при рассмотрении ветвящихся систем лучей.

     Ключевые слова: нелинейный арифметический треугольник, двоичная система счисления, биномиальные коэффициенты, ветвящаяся система лучей, лазеры.
     Просмотров за год: 5. Цитирований: 1 (РИНЦ).
328. Усенко В.А., Лобанов А.И.
     Метод потоковой релаксации для решения квазилинейных уравнений параболического типа
     Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 1, с. 47-53

     Предложен численный метод решения квазилинейных уравнений параболического типа, основанный на аппроксимации потоков. Описана реализация метода на прямоугольной сетке. Приведены результаты численных расчетов. В отличие от применяемых методов для данного метода используется аппроксимация потоков на нерасширенном шаблоне. Для каждой итерации метода Ньютона возможно решение линейной задачи с помощью метода верхней релаксации (SOR). По сравнению с методами потоковой прогонки рассмотренный метод обладает большим потенциалом для использования на современных параллельных вычислительных комплексах.

     Ключевые слова: квазилинейное уравнение параболического типа, красно-черное упоря- дочивание, разностная схема, метод Ньютона, метод верхней релаксации.
     Просмотров за год: 1. Цитирований: 1 (РИНЦ).
329. Борисов А.В., Трифонов А.Ю., Шаповалов А.В.
     Влияние конвекции на двумерную динамику в нелокальной реакционно-диффузионной модели
     Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 1, с. 55-61

     Численными методами исследовано формирование пространственных структур, описываемых скалярным уравнением Фишера–Колмогорова–Петровского–Пискунова с нелокальными конкурентными потерями и конвекцией, линейно зависящей от пространственных переменных. Показано, что при соответствующем выборе значений параметров уравнения, начальная функция, локализованная в окрестности точки, трансформируется в функцию, локализованную в окрестности кольца с симметрично расположенными на нем локальными максимумами. Радиус кольца и число максимумов зависят от конвекции.

     Ключевые слова: реакция-диффузия, конвекция, нелокальные конкурентные потери, уравнение Фишера–Колмогорова–Петровского–Пискунова.
     Просмотров за год: 3. Цитирований: 1 (РИНЦ).
330. Попинако А.В.
     Молекулярное моделирование и динамика комплексов серотонинового 5-HT3 рецептора с лигандами
     Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 3, с. 329-334

     Вопрос взаимодействия определенного рецептора с лигандами является ключевым в области клеточной сигнализации, но решается он на молекулярном уровне. Для улучшения понимания молекулярных механизмов взаимодействия серотонинового рецептора с лигандами были применены различные биофизические методы компьютерного моделирования. Модель трехмерной структуры надмембранного домена серотонинового 5-HT3 рецептора человека была построена по гомологии с никотиновым ацетилхолиновым рецептором nAChR (PDB ID: 2BG9). Методом докинга были получены комплексы 5-HT3 рецептора с лигандами. Методом молекулярной динамики исследовано взаимодействие серотонинового 5-HT3 рецептора с лигандами и показана роль различных факторов в стабилизации комплексов.

     Ключевые слова: мембранные рецепторы, лиганды, молекулярная динамика.
     Цитирований: 1 (РИНЦ).

• Общая информация
• Политика открытого доступа
• Публикационная этика
• Редакционная коллегия
• Авторский указатель
• Для авторов
• Для рецензентов
• Контакты
• Часто просматриваемые статьи
• Наиболее цитируемые статьи
• Подача статей ONLINE