Текущий выпуск Номер 3, 2020 Том 12
Результаты поиска по 'молекулярная динамика':
Найдено статей: 31
  1. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2016, т. 8, № 6, с. 831-832
    Просмотров за год: 2.
  2. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2017, т. 9, № 3, с. 357-359
    Просмотров за год: 3.
  3. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2018, т. 10, № 1, с. 3-5
    Просмотров за год: 10.
  4. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2019, т. 11, № 1, с. 5-7
    Просмотров за год: 27.
  5. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2019, т. 11, № 3, с. 363-365
    Просмотров за год: 20.
  6. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2019, т. 11, № 4, с. 559-561
    Просмотров за год: 4.
  7. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2019, т. 11, № 5, с. 773-776
  8. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2020, т. 12, № 2, с. 259-261
  9. Батгэрэл Б., Никонов Э.Г., Пузынин И.В.
    Процедура вывода явных, неявных и симметричных симплектических схем для численного решения гамильтоновых систем уравнений
    Компьютерные исследования и моделирование, 2016, т. 8, № 6, с. 861-871

    При моделировании методами классической молекулярной динамики поведения системы частиц используются уравнения движения в ньютоновской и гамильтоновой формулировке. При использовании уравнений Ньютона для получения координат и скоростей частиц системы, состоящей из $N$ частиц, требуется на каждом временном шаге в трехмерном случае решить $3N$ обыкновенных дифференциальных уравнений второго порядка. Традиционно для решения уравнений движения молекулярной динамики в ньютоновской формулировке используются численные схемы метода Верле. Для сохранения устойчивости численных схем Верле на достаточно больших интервалах времени приходится уменьшать шаг интегрирования. Это приводит к существенному увеличению объема вычислений. В большинстве современных пакетов программ молекулярной динамики для численного интегрирования уравнений движения используют схемы метода Верле с контролем сохранения гамильтониана (энергии системы) по времени. Для уменьшения времени вычислений при молекулярно-динамических расчетах можно использовать два дополняющих друг друга подхода. Первый основан на совершенствовании и программной оптимизации существующих пакетов программ молекулярной динамики с использованием векторизации, распараллеливания, спецпроцессоров. Второй подход основан на разработке эффективных методов численного интегрирования уравнений движения. В работе предложена процедура построения явных, неявных и симметричных симплектических численных схем с заданной точностью аппроксимации относительно шага интегрирования для решения уравнений движения молекулярной динамики в гамильтоновой форме. В основе подхода для построения предложенной в работе процедуры лежат следующие положения: гамильтонова формулировка уравнений движения, использование разложения точного решения в ряд Тейлора, использование для вывода численных схем аппарата производящих функций для сохранения геометрических свойств точного решения. Численные эксперименты показали, что полученная в работе симметричная симплектическая схема третьего порядка точности сохраняет в приближенном решении основные свойства точного решения, является более устойчивой по шагу аппроксимации и более точно сохраняет гамильтониан системы на большом интервале интегрирования, чем численные схемы метода Верле второго порядка.

    Просмотров за год: 11.
  10. Джораев А.Р.
    Гибридные вычислительные системы на основе GPU для задач биоинформатики
    Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 2, с. 163-167

    Статья посвящена преимуществам применения гибридных вычислительных систем на основе графических процессоров NVIDIA для решения задач моделирования молекулярной динамики, квантовой химии, секвенирования, приведены примеры приложений.

    Просмотров за год: 2. Цитирований: 6 (РИНЦ).
Страницы: следующая последняя »

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00.
 

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Журнал индексируется в Scopus