Текущий выпуск Номер 5, 2026 Том 18

Все выпуски

Результаты поиска по 'неструктурированные участки белков':
Найдено статей: 2
  1. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2026, т. 18, № 5, с. 1075-1079
  2. Вольхин И.А., Федоров В.А., Орехов Ф.С., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б.
    Анализ сходимости молекулярно-динамических траекторий неструктурированных участков белков на примере C-концевых фрагментов белков $\alpha$-тубулина и FtsZ
    Компьютерные исследования и моделирование, 2026, т. 18, № 5, с. 1329-1346

    Неструктурированные белки (IDPs) и неструктурированные участки белков (IDRs) представляют собой крайне важные, но сложные для изучения традиционными способами области протеома. Метод полноатомной молекулярной динамики, широко применяемый для семплирования конфигурационных пространств белков, требует существенных вычислительных ресурсов, особенно в случае неструктурированных участков белков из-за большого числа доступных им конформаций. В данной работе мы предлагаем метод оценки времени сходимости молекулярно-динамических траекторий, основанный на вычислении интеграла перекрывания между ансамблями в пространстве главных компонент. В качестве модельных систем используются C-концевые неструктурированные участки белков цитоскелета $\alpha$-тубулина и FtsZ. В то время как 3 мкс моделирования оказывается достаточно для сходимости короткого фрагмента $\alpha$-тубулина, протяженный участок FtsZ демонстрирует явные признаки недостатка семплирования, что указывает на необходимость существенно больших времен моделирования или методов улучшенной выборки для получения статистически надежного конформационного ансамбля протяженных неструктурированных фрагментов белков такого типа. Предложенный нами метод можно использовать для выявления сходимости ансамблей неструктурированных участков белков, полученных методом полноатомной молекулярной динамики.

    Ключевые слова: неструктурированные участки белков, молекулярная динамика, тубулин, FtsZ.

Журнал индексируется в Scopus

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в систему  Российского индекса научного цитирования.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Website Copyright © 2009–2026 Институт компьютерных исследований