Все выпуски
- 2024 Том 16
- 2023 Том 15
- 2022 Том 14
- 2021 Том 13
- 2020 Том 12
- 2019 Том 11
- 2018 Том 10
- 2017 Том 9
- 2016 Том 8
- 2015 Том 7
- 2014 Том 6
- 2013 Том 5
- 2012 Том 4
- 2011 Том 3
- 2010 Том 2
- 2009 Том 1
-
Анализ динамических режимов взаимодействующих синтетических генетических репрессиляторов
Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 4, с. 403-418В работе изучена динамика двух искусственных генетических осцилляторов — репрессиляторов, — связанных диффузией аутоиндуктора. Выбрана модель генетической сети, в которой производство, диффузия и ген-мишень для аутоиндуктора обеспечивают расталкивающее взаимодействие между фазовыми точками. Исследовано появление периодических режимов, устойчивых неоднородных стационарных состояний в зависимости от главных бифуркационных параметров: силы связи и скорости синтеза мРНК. Показано, что добавление в генетическую схему аутоиндуктора приводит к исчезновению предельного цикла через бифуркацию бесконечного периода в изолированном осцилляторе, если скорость синтеза мРНК велика. Найден гистерезис между предельным циклом и стационарным состоянием, размер которого зависит от соотношения времен жизни мРНК и белков. Взаимодействие двух осцилляторов приводит к появлению устойчивого противофазного предельного цикла, который может переходить в хаотический режим через «тор-хаос» или путем каскада Фейгенбаума.
Dynamics analysis of coupled synthetic genetic repressilators
Computer Research and Modeling, 2010, v. 2, no. 4, pp. 403-418Просмотров за год: 2. Цитирований: 2 (РИНЦ).We have investigated dynamics of synthetic genetic oscillators — repressilators — coupled through autoinducer diffusion. The model of the system with phase-repulsive coupling structure is under consideration. We have examined emergence of periodic regimes, stable inhomogeneous steady states depending on the main systems’ parameters: coupling strength and maximal transcription rate. It has been shown that autoinducer production module added to the isolated repressilator cause the limit cycle to disappear through infinite period bifurcation for sufficiently large transcription rate. We have found hysteresis of limit cycle and stable steady state the size of which is determined by ratio between mRNA and protein lifetimes. Two coupled oscillators system demonstrates stable anti-phase oscillations which can become a chaotic regime through invariant torus emergence or via Feigenbaum scenario.
-
Оптимизация интегральных оценок состояния биосистем с использованием параллельных вычислений
Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 1, с. 93-99В работе рассмотрен подход к оптимизации интегральных оценок состояния биосистем. Подход включает процедуры уменьшения вариабельности интегральных оценок, основанные на статистическом моделировании экспериментальных данных, а также оптимизацию числа признаков состояния на основе оценки их относительного вклада в интегральную оценку c использованием параллельных вычислений.
Ключевые слова: интегральная оценка состояния биосистем, информативность показателей, статистическое моделирование.
Optimization of integral estimation of bio-systems state using parallel calculation
Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 1, pp. 93-99Цитирований: 3 (РИНЦ).The approach to optimization of integral estimation of bio-systems state is presented. The approach is included the procedures of decreasing of variability of integral estimation based on statistical modeling of experimental data set and optimization the quantity of a state characteristics on a base of their relative contribution to the integral estimation using parallel calculation.
-
Моделирование предкрахового поведения цен на иерархически организованном финансовом рынке
Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 2, с. 215-222Рассматривается иерархическая модель, предложенная Джохансеном и Сорнеттом, описывающая механизм возникновения логопериодических колебаний, предшествующих финансовым крахам, и проводится ее численный анализ. Предлагаются обобщения данной модели на основе введения зависимость степени влияния агентов друг на друга от ультраметрического расстояния между ними. Наибольшее внимание уделяется вопросу об универсальности критической точки, который исследуется с помощью построения распределений точек краха при различном числе агентов.
Ключевые слова: математическое моделирование, логопериодические колебания и степенной рост, ультраметрическое расстояние, иерархические структуры, финансовые крахи.
Modeling the behavior proceeding market crash in a hierarchically organized financial market
Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 2, pp. 215-222Просмотров за год: 1.We consider the hierarchical model of financial crashes introduced by A. Johansen and D. Sornette which reproduces the log-periodic power law behavior of the price before the critical point. In order to build the generalization of this model we introduce the dependence of an influence exponent on an ultrametric distance between agents. Much attention is being paid to a problem of critical point universality which is investigated by comparison of probability density functions of the crash times corresponding to systems with various total numbers of agents.
-
Сверхмасштабируемое моделирование магнитных состояний и реконструкция типов упорядочения массивов наночастиц
Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 3, с. 309-318Рассматриваются два возможных вычислительных метода интерпретации экспериментальных данных, полученных методами магнитно-силовой зондовой микроскопии. Развитие методов моделирования и реконструирования распределения макроспинов проводится с целью изучения процессов перемагничивания наночастиц в упорядоченных двумерных массивах. Предлагаются подходы к разработке сверхмасштабируемых высокопроизводительных алгоритмов, предназначенных для параллельного исполнения на суперкомпьютерных кластерах для решения прямой и обратной задачи моделирования магнитных состояний, типов упорядочения и процессов перемагничивания наносистем с коллективным поведением. Результаты моделирования согласуются с результатами эксперимента.
Ключевые слова: магнито-силовая микроскопия, магнитные состояния, высокопроизводительные параллельные вычисления, сверхмасштабируемость.
Superscale simulation of the magnetic states and reconstruction of the ordering types for nanodots arrays
Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 3, pp. 309-318Просмотров за год: 2.We consider two possible computational methods of the interpretation of experimental data obtained by means of the magnetic force microscopy. These methods of macrospin distribution simulation and reconstruction can be used for research of magnetization reversal processes of nanodots in ordered 2D arrays of nanodots. New approaches to the development of high-performance superscale algorithms for parallel executing on a supercomputer clusters for solving direct and inverse task of the modeling of magnetic states, types of ordering, reversal processes of nanosystems with a collective behavior are proposed. The simulation results are consistent with experimental results.
-
Синхронизация и хаос в сетях связанных отображений в приложении к моделированию сердечной динамики
Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 4, с. 439-453На основе отображения, построенного путем упрощения и редукции модели Луо–Руди, исследуется динамика ансамблей связанных элементов в приложении к моделированию пространственно-временных процессов в сердечной мышце. В частности, представлены возможности отображения в воспроизведении различных режимов сердечной активности, в том числе возбудимого и осцилляторного режимов. Рассмотрена динамика цепочек и решеток связанных осцилляторных элементов со случайным распределением индивидуальных частот. Обнаружены эффекты кластерной синхронизации и переход к глобальной синхронизации при увеличении силы связи. Проанализировано распространение импульсов по цепочке, а также концентрических и спиральных волн в двумерной решетке связанных отображений, моделирующих динамику возбудимых сред. Изучены характеристики спиральной волны в зависимости от изменения индивидуальных параметров и связи. Проведено исследование смешанных ансамблей, состоящих из возбудимых и осцилляторных элементов с градиентным изменением свойств, в том числе в приложении к задаче описания нормального и патологического характера функционирования синоатриального узла.
Ключевые слова: отображение, возбудимая клетка, осцилляторная клетка, синхронизация, пространственно-временная динамика.
Synchronization and chaos in networks of coupled maps in application to modeling of cardiac dynamics
Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 4, pp. 439-453Цитирований: 3 (РИНЦ).The dynamics of coupled elements’ ensembles are investigated in the context of description of spatio-temporal processes in the myocardium. Basic element is map-based model constructed by simplification and reduction of Luo-Rudy model. In particular, capabilities of the model in replication of different regimes of cardiac activity are shown, including excitable and oscillatory regimes. The dynamics of 1D and 2D lattices of coupled oscillatory elements with a random distribution of individual frequencies are considered. Effects of cluster synchronization and transition to global synchronization by increasing of coupling strength are discussed. Impulse propagation in the chain of excitable cells has been observed. Analysis of 2D lattice of excitable elements with target and spiral waves have been made. The characteristics of the spiral wave has been analyzed in depending on the individual parameters of the map and coupling strength between elements of the lattice. A study of mixed ensembles consisting of excitable and oscillatory elements with a gradient changing of the properties have been made, including the task for description of normal and pathological activity of the sinoatrial node.
-
Центрально-симметричные стационарные состояния в одной модели электродиффузии
Компьютерные исследования и моделирование, 2012, т. 4, № 1, с. 99-104Изучается математическая модель электродиффузии в центрально-симметричном случае. Эта модель в частности описывает перенос ионов Li+ в некоторых электрохимических источниках тока. Нами показано, что при заданных на внешней границе значениях концентрации ионов и электрического потенциала в модели существует единственное стационарное решение, которое является устойчивым аттрактором нестационарных решений при различных распределениях начальных значений.
Centrally symmetric steady states in a model of electrodiffusion
Computer Research and Modeling, 2012, v. 4, no. 1, pp. 99-104Просмотров за год: 1.We study the centrally symmetric mathematical model of electrodiffusion. This model describes in particular the transport of the Li+ ions in certain electrochemical current sources. We demonstrate that the steady state solution of the considered model exists and is unique if the boundary values of the ion concentration and electric potential are given. This solution also proves to be the stable attractor of the time-dependent solutions with different initial value distributions.
-
Об одной модели смеси распределений вероятностей в радиотехнических измерениях
Компьютерные исследования и моделирование, 2012, т. 4, № 3, с. 563-568В данной работе представлена модель смеси распределений вероятностей сигнала и шума. Как правило, при анализе данных в условиях неопределенности приходится использовать непараметрические критерии. Однако при анализе нестационарных данных при наличии неопределенности по виду закона распределения и его параметрам они могут оказаться малоэффективными. Рассматриваемая модель подразумевает реализацию случая априорной непараметрической неопределенности при обработке сигнала в условиях, когда возможно разделение сигнала и шума как компонентов, относящихся к разным генеральным совокупностям.
On one particular model of a mixture of the probability distributions in the radio measurements
Computer Research and Modeling, 2012, v. 4, no. 3, pp. 563-568Просмотров за год: 3. Цитирований: 7 (РИНЦ).This paper presents a model mixture of probability distributions of signal and noise. Typically, when analyzing the data under conditions of uncertainty it is necessary to use nonparametric tests. However, such an analysis of nonstationary data in the presence of uncertainty on the mean of the distribution and its parameters may be ineffective. The model involves the implementation of a case of a priori non-parametric uncertainty in the processing of the signal at a time when the separation of signal and noise are related to different general population, is feasible.
-
Компьютерное моделирование тепломассообменных процессов в микроканалах с использованием CFD-пакета SigmaFlow
Компьютерные исследования и моделирование, 2012, т. 4, № 4, с. 781-792Данная работа посвящена численному моделированию тепломассообменных процессов в микроканалах. Микроканалы — каналы, характерный диаметр которых порядка 100 мкм, интерес к изучению процессов в которых растёт с каждым годом, в связи с бурным развитием микрофлюидной техники. Исследование проводилось с помощью программного комплекса σFlow. Были рассмотрены изотермические и неизотермические течения в микроканалах различной конфигурации. Полученные результаты сравнивались с имеющимися экспериментальными или аналитическими данными и в целом для всех задач получено хорошее их согласование.
Numerical simulation of heat and mass transfer processes in microchannels using CFD-package σFlow
Computer Research and Modeling, 2012, v. 4, no. 4, pp. 781-792Просмотров за год: 4. Цитирований: 3 (РИНЦ).This article is dedicated to numerical modeling of heat and mass transfer processes in microchannels. Microchannels are channels, that characteristic diameter is about 100 μm. Interest to the study of processes in them is growing every year, due to the rapid development of microfluid technique. The study was conducted using the software package σFlow. Isothermal and nonisothermal flows in microchannels of various configurations were considered. The obtained results were compared with available experimental and analytical data. In general for all problems a good agreement was obtained.
-
Модель взаимодействия векторного 3D электромагнитного поля с 2D периодическими структурами
Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 2, с. 213-224В работе рассмотрено применение метода инвариантного погружения для описания взаимодействия 3D векторного электромагнитного поля с 2D фотонным кристаллом конечной толщины, образованным диэлектрическими круговыми цилиндрами или брусьями квадратного сечения. Вычислены матричные коэффициенты прохождения и отражения волн с учетом их поляризации при различных углах падения и некомпланарной дифракции.
Model of 3D electromagnetic field with 2D periodic structures interaction
Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 2, pp. 213-224Просмотров за год: 3.An application of the invariant imbedding method to describe the interaction of 3D electromagnetic field with 2D photonic crystal of finite thickness, formed by a dielectric circular cylinder or square bars, is considered in this paper. Matrix coefficients of transmission and reflection for waves at different angles of incidence were calculated taking into account different types of polarization and non-coplanar diffraction.
-
Оптимизационный подход к имитационному моделированию микроструктур
Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 4, с. 597-606В работе предложен оптимизационный подход к имитационному моделированию микроструктур. Решены задачи оптимизации функции пористости, поиска оптимальной модели гранулометрического состава и введен критерий качества моделирования. Проведена проверка адекватности предложенных методов на примерах и предложена регрессионная модель качества имитационного моделирования микроструктур. Актуальным приложением предложенного подхода является задача 3D-реконструкции микроструктуры керна. Полученные результаты дают основания для продолжения исследований в выбранном направлении.
Ключевые слова: имитационное моделирование микроструктур, плотная упаковка, оптимизация, 3D-реконструкция.
The optimization approach to simulation modeling of microstructures
Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 4, pp. 597-606Просмотров за год: 4. Цитирований: 7 (РИНЦ).The paper presents an optimization approach to microstructure simulation. Porosity function was optimized by numerical method, grain-size model was optimized by complex method based on criteria of model quality. Methods have been validated on examples. Presented new regression model of model quality. Actual application of proposed method is 3D reconstruction of core sample microstructure. Presented results suggest to prolongation of investigations.
Журнал индексируется в Scopus
Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU
Журнал входит в систему Российского индекса научного цитирования.
Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science
Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"