Текущий выпуск Номер 1, 2024 Том 16

Все выпуски

Результаты поиска по 'bioinformatics':
Найдено статей: 2
  1. Никулин В.Н.
    О разложении матриц при помощи метода стохастического градиентного спуска в приложении к задаче направляемой классификации микрочипов
    Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 2, с. 131-140

    Многомерные данные, при использовании значительно большего количества признаков относительно меньшего числа наблюдений, порождают хорошо известную проблему переопределённой задачи. В связи с этим, представляется целесообразным описание данных в терминах меньшего числа мета-признаков, которые вычисляются при помощи так называемых матричных факторизаций. Такие факторизации способствуют уменьшению случайного шума при сохранении наиболее существенной информации. Три новых и взаимосвязанных метода предложены в этой статье: 1) факторизационный механизм градиентного спуска с двумя (согласно размерности микрочипа) гибкими и адаптируемыми параметрами обучения, включая явные формулы их автоматического пересчета, 2) непараметрический критерий для отбора количества факторов, и 3) неотрицательная модификация градиентной факторизации, которая не требует дополнительных вычислительных затрат в сравнении с базовой моделью. Мы иллюстрируем эффективность предложенных методов в приложении к задаче направляемой классификации данных в области биоинформатики.

    Ключевые слова: матричная факторизация, ненаправляемое обучение, количество факторов, непараметрический критерий, неотрицательность, оставить одного извне, классификация.
    Nikulin V.N.
    On the stochastic gradient descent matrix factorization in application to the supervised classification of microarrays
    Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 2, pp. 131-140

    Microarray datasets are highly dimensional, with a small number of collected samples in comparison to thousands of features. This poses a significant challenge that affects the interpretation, applicability and validation of the analytical results. Matrix factorizations have proven to be a useful method for describing data in terms of a small number of meta-features, which reduces noise, while still capturing the essential features of the data. Three novel and mutually relevant methods are presented in this paper: 1) gradient-based matrix factorization with two adaptive learning rates (in accordance with the number of factor matrices) and their automatic updates; 2) nonparametric criterion for the selection of the number of factors; and 3) nonnegative version of the gradient-based matrix factorization which doesn't require any extra computational costs in difference to the existing methods. We demonstrate effectiveness of the proposed methods to the supervised classification of gene expression data.

    Keywords: matrix factorization, unsupervised learning, number of factors, nonnegativity, bioinformatics, leaveone-out, classification.
    Цитирований: 4 (РИНЦ).
  2. Джораев А.Р.
    Гибридные вычислительные системы на основе GPU для задач биоинформатики
    Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 2, с. 163-167

    Статья посвящена преимуществам применения гибридных вычислительных систем на основе графических процессоров NVIDIA для решения задач моделирования молекулярной динамики, квантовой химии, секвенирования, приведены примеры приложений.

    Ключевые слова: GPU, графический процессор, молекулярная динамика, квантовая химия.
    Dzhoraev A.R.
    GPU-accelerated hybrid systems for high-performance computing in bio-informatics
    Computer Research and Modeling, 2010, v. 2, no. 2, pp. 163-167

    Modern GPUs are massively-parallel processors, offering substantial amount of computational power in energy-efficient package. We discuss the benefits of utilizing this computing power for modeling problems in bio-informatics, such as molecular dynamics, quantum chemistry and sequence analysis.

    Keywords: GPU, bioinformatics, molecular dynamics, quantum chemistry, sequence analysis.
    Просмотров за год: 2. Цитирований: 6 (РИНЦ).

Журнал индексируется в Scopus

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в систему  Российского индекса научного цитирования.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Copyright © 2009–2024 Институт компьютерных исследований