Все выпуски
- 2024 Том 16
- 2023 Том 15
- 2022 Том 14
- 2021 Том 13
- 2020 Том 12
- 2019 Том 11
- 2018 Том 10
- 2017 Том 9
- 2016 Том 8
- 2015 Том 7
- 2014 Том 6
- 2013 Том 5
- 2012 Том 4
- 2011 Том 3
- 2010 Том 2
- 2009 Том 1
-
Реализация клеточных автоматов «игра “Жизнь”» с применением технологий CUDA и OpenCL
Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 3, с. 323-326В данной статье проанализирован опыт преподавания курса «Программирование на CUDA и OpenCL» для участников ежегодной межвузовской молодежной школы по высокопроизводительным вычислениям МФТИ-2010. В статье разобраны как содержимое лекций и семинарские задачи, так и особенности преподнесения материала. Обсуждаются результаты, полученные учащимися при выполнении практических задач. Приводится сравнение быстродействия различных алгоритмов реализации клеточных автоматов «игра “Жизнь”» с применением технологий CUDA и OpenCL.
CUDA and OpenCL implementations of Conway’s Game of Life cellular automata
Computer Research and Modeling, 2010, v. 2, no. 3, pp. 323-326Просмотров за год: 9. Цитирований: 3 (РИНЦ).In this article the experience of reading “CUDA and OpenCL programming” course during high perfomance computing summer school MIPT-2010 is analyzed. Content of lectures and practical tasks, as well as manner of presenting of the material are regarded. Performance issues of different algorithms implemented by students at practical training session are dicussed.
-
Математическое моделирование нейтронных передач в ядерных реакциях с учетом спин-орбитального взаимодействия
Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 4, с. 393-401На основе метода расщепления для нестационарного уравнения Шредингера предложена разностная схема численного решения нестационарной системы двух уравнений Шредингера с оператором спин-орбитального взаимодействия для двухкомпонентной спинорной волновой функции. Выполнено компьютерное моделирование эволюции волновых функций внешних нейтронов с различными проекциями полного момента на межъядерную ось и вероятности их передачи при лобовых столкновениях ядер 18O и 58Ni.
Ключевые слова: столкновения тяжелых ядер, компьютерные методы решения уравнения Шредингера.
Mathematical modeling of neutron transfers in nuclear reactions considering spin-orbit interaction
Computer Research and Modeling, 2010, v. 2, no. 4, pp. 393-401Просмотров за год: 4.The difference scheme for numerical solution of a time-dependant system of two Schrödinger equations with the operator of a spin-orbit interaction for a two-component spinor wave function is offered on the basis of a split method for a time-dependant Schrödinger equations. The computer simulation of the external neutrons’ wave functions evolution with different values of the full moment projection upon internuclear axis and probabilities of their transfer are executed for head-on collisions of 18O and 58Ni nuclei.
-
Компьютерный анализ первичных структур инулиназ из различных продуцентов
Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 1, с. 85-92Установлено, что основное количество гомологичных звеньев у инулиназ из различных продуцентов представлено остатками Gln, Asn и Glu. Карбоксильные группы боковых радикалов Asp и Glu, входящих в состав активных центров инулиназ, могут играть роль контактных групп для молекул субстрата, а также осуществлять кислотно-основный катализ. Сопоставление первичных структур инулиназ показало, что частота замен остатков на протяжении полипептидных цепей отличается высокой вариабельностью. Построено филогенетическое дерево инулиназ из различных источников. Выявлено, что высокая степень гомологии характерна для ферментов из Aspergillus awamori, Aspergillus niger и Aspergillus ficuum. Показано, что относительно небольшим родством обладают эндо- и экзоинулиназы.
The computer analysis of primary structures for inulinases from various producers
Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 1, pp. 85-92Просмотров за год: 2. Цитирований: 4 (РИНЦ).It is shown that the basic amount of homologous parts at inulinases from various species is presented by Gln, Asn and Glu residues. Carboxyl groups of Asp and Glu side chains (a part of active center of inulinase) can play the role of contact groups for substrate molecules and also carry out acid-base catalysis. Comparison of primary structures of inulinases has shown that frequency of residue substitution is very variable along the polypeptide chain. The phylogenetic tree of inulinases from various sources is constructed. It is revealed that high homology degree is characteristic for enzymes from Aspergillus awamori, Aspergillus niger and Aspergillus ficuum. Rather small relation degree is shown for endo- and exo-inulinases.
-
Эффективные генераторы псевдослучайных чисел при молекулярном моделировании на видеокартах
Компьютерные исследования и моделирование, 2011, т. 3, № 3, с. 287-308Динамика Ланжевена, метод Монте-Карло и моделирование молекулярной динамики в неявном растворителе требуют больших массивов случайных чисел на каждом шаге расчета. Мы исследовали два подхода в реализации генераторов на графических процессорах. Первый реализует последовательный алгоритм генератора на каждом потоке в отдельности. Второй основан на возможности взаимодействия между потоками и реализует общий алгоритм на всех потоках в целом. Мы покажем использование этих подходов на примере алгоритмов Ran 2, Hybrid Taus и Lagged Fibonacci. Для проверки случайности полученных чисел мы использовали разработанные генераторы при моделировании динамики Ланжевена N независимых гармонических осцилляторов в термостате. Это позволило нам оценить статистические характеристики генераторов. Мы также исследовали производительность, использование памяти и ускорение, получаемое при переносе алгоритма с центрального на графический процессор.
Ключевые слова: псевдослучайные числа, графический процессор, генератор, молекулярное моделирование.
Efficient Pseudorandom number generators for biomolecular simulations on graphics processors
Computer Research and Modeling, 2011, v. 3, no. 3, pp. 287-308Просмотров за год: 11. Цитирований: 2 (РИНЦ).Langevin Dynamics, Monte Carlo, and all-atom Molecular Dynamics simulations in implicit solvent require a reliable source of pseudorandom numbers generated at each step of calculation. We present the two main approaches for implementation of pseudorandom number generators on a GPU. In the first approach, inherent in CPU-based calculations, one PRNG produces a stream of pseudorandom numbers in each thread of execution, whereas the second approach builds on the ability of different threads to communicate, thus, sharing random seeds across the entire device. We exemplify the use of these approaches through the development of Ran2, Hybrid Taus, and Lagged Fibonacci algorithms. As an application-based test of randomness, we carry out LD simulations of N independent harmonic oscillators coupled to a stochastic thermostat. This model allows us to assess statistical quality of pseudorandom numbers. We also profile performance of these generators in terms of the computational time, memory usage, and the speedup factor (CPU/GPU time).
-
Методика эталонных «line-by-line» расчетов атмосферной радиации
Компьютерные исследования и моделирование, 2012, т. 4, № 3, с. 553-562В работе описана методика «line-by-line» расчета тепловой радиации Земли и земной атмосферы. Расчет пространственно-углового распределения радиации производится численным интегрированием кинетического уравнения переноса излучения и уравнений для угловых моментов методом квазидиффузии. В качестве исходных данных для восстановления оптических параметров атмосферы используется банк линий молекулярного поглощения HITRAN [Rothman et al., 2009].
Benchmark «line-by-line» calculations of atmospheric radiation
Computer Research and Modeling, 2012, v. 4, no. 3, pp. 553-562Просмотров за год: 4. Цитирований: 3 (РИНЦ).The paper presents the methodology of «line-by-line» calculations of the Earth and atmosphere thermal radiation. Intensity of radiation is computed by numerical integration of the radiative transfer kinetic equation and the system of the angular momentum equations using quasi-diffusion method. Data from HITRAN molecular spectroscopic database [Rothman et al., 2009] are used to calculate the atmosphere optical parameters.
-
Применение метода конечных элементов для моделирования эволюционных процессов теплопроводности в облученных электронными пучками полярных диэлектриках
Компьютерные исследования и моделирование, 2012, т. 4, № 4, с. 767-780Представлены результаты компьютерного моделирования нестационарных температурных полей, возникающих в полярных диэлектриках, облученных сфокусированными электронными пучками средних энергий, при исследовании с помощью методик растровой электронной микроскопии. Математическая модель основана на решении многомерного эволюционного уравнения теплопроводности численным конечноэлементным методом. Аппроксимация теплового источника проведена с учетом оценки области взаимодействия электронов с веществом на основе симуляции электронных траекторий методом Монте-Карло. Разработано программное приложение в ППП Маtlab, реализующее данную модель. Приведены геометрические интерпретации и результаты расчётов, демонстрирующие особенности температурного нагрева модельных образцов электронным зондом, при заданных параметрах эксперимента и принятой аппроксимации источника.
Ключевые слова: компьютерное моделирование, метод конечных элементов, электронное облучение, полярный диэлектрик, процесс теплопроводности.
The use of finite element method for simulation of heat conductivity processes in polar dielectrics irradiated by electron bunches
Computer Research and Modeling, 2012, v. 4, no. 4, pp. 767-780Просмотров за год: 5. Цитирований: 3 (РИНЦ).The paper describes the results of computer simulation of time-dependent temperature fields arising in polar dielectrics irradiated by focused electron bunches with average electron energy when analyzing with electron microscopy techniques. The mathematical model was based on solving several-dimensional nonstationary heat conduction equation with use of numerical finite element method. The approximation of thermal source was performed taking into account the estimation of initial electron distribution determined by Monte-Carlo simulation of electron trajectories. The simulation program was designed in Matlab. The geometrical modeling and calculation results demonstrated the main features of model sample heating by electron beam were presented at the given experimental parameters as well as source approximation.
-
Математическое моделирование термической дистилляции воды при пленочном течении в вакууме
Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 2, с. 205-211Статья посвящена математическому моделированию процесса обессоливания природной воды методом термодистилляции. В статье приведены уравнения, позволяющие описать процессы пленочного течения и кипения воды, конденсации пара и поддержания вакуума. Представлен алгоритм расчета, реализованный в системе компьютерной математики MatLab и электронных таблицах Excel, и исходные данные, необходимые для расчета. Модель проверена на адекватность. Приведен расчет десятикорпусной дистилляционной установки. Результаты работы могут быть использованы при проектировании и оптимизации технологических режимов дистилляционных установок.
Mathematic modeling of thermal distillation of water in film flowing under vacuum
Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 2, pp. 205-211Просмотров за год: 4. Цитирований: 1 (РИНЦ).The article is dedicated to mathematic modeling of natural water desalination process by method of thermal distillation. The article gives the equations which allow describing the processes of film flowing and boiling of water, steam condensation and vacuum maintenance. The article presents the algorithm of calculation, implemented in MatLab computer mathematic system and Excel electronic tables, and the initial data required for the calculation. The model has been checked for adequacy. The calculation of ten-effect distillation system is given. The results of work can be used in design and optimization of process conditions for distillation systems.
-
Исследование деформационного поведения фрагмента кости при осевом сжатии, содержащего компактный и губчатый слои разной плотности
Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 3, с. 433-441Представлены результаты компьютерного моделирования деформационного поведения фрагмента кости при осевом сжатии, содержащего компактный и губчатый слои разной плотности. Результаты расчетов показывают, что возможна смена преобладающего вида деформации сжатия образца кости на деформацию изгиба и наоборот при изменении, как плотности его губчатой составляющей, так и при изменении плотности компактной составляющей.
Ключевые слова: компьютерное моделирование, компактная костная ткань, губчатая костная ткань, деформационное поведение.
Research of deformation behavior of bone fragment at an axial compression, containing compact and spongy layers of different density
Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 3, pp. 433-441Просмотров за год: 3. Цитирований: 2 (РИНЦ).The results of computer simulation of deformation behavior of bone fragment at axial compression, containing compact and spongy layers of different density, are presented. The result of calculations show that changing of prevailing type of deformation of compression of bone sample on deformation of bend and vice versa is possible at densities change of his spongy constituent and compact constituent
-
Методика и программа для накопления и статистического анализа результатов компьютерного эксперимента
Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 4, с. 589-595Решается задача накопления и статистического анализа результатов компьютерного эксперимента. Программа основного эксперимента рассматривается в рамках разработанной методики как источник данных, собираемых на специально подготовленный лист Excel с заранее организованной структурой для накопления, статистической обработки и визуализации данных. Созданная методика и программа использованы при исследовании эффективности корреляционных методов выделения гармонического сигнала на фоне помех по реализации ограниченной длины.
Ключевые слова: компьютерная программа, статистический анализ, компьютерный эксперимент, доверительные интервалы, обработка данных.
Methodology and program for the storage and statistical analysis of the results of computer experiment
Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 4, pp. 589-595Просмотров за год: 1. Цитирований: 5 (РИНЦ).The problem of accumulation and the statistical analysis of computer experiment results are solved. The main experiment program is considered as the data source. The results of main experiment are collected on specially prepared sheet Excel with pre-organized structure for the accumulation, statistical processing and visualization of the data. The created method and the program are used at efficiency research of the scientific researches which are carried out by authors.
-
Исследование возможности параллельной переработки информации человеком в серии задач растущей сложности
Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 5, с. 845-861Разработана компьютерная технология предъявления инженерно-психологических тестов, позволяющая выявлять испытуемых, способных ускорять решение логических задач путем выполнения одновременного нескольких стандартных логических операций. В основу положена ранее опубликованная теоретическая разработка тестовых задач двух типов: на одних параллельная логика эффективна, а на других — нет. Поставленный эксперимент подтвердил способность к параллельной логике значительного процента испытуемых. Существенное ускорение выполнения логических операций в последовательной логике встречается очень редко. Подтверждена эффективность разработанной методики.
Ключевые слова: инженерная психология, логическая операция, параллельная логика, запараллеленность, психологические тесты, компьютерная технология.
Research of possibility for man the parallel information handling in task series with increase complexity
Computer Research and Modeling, 2013, v. 5, no. 5, pp. 845-861Просмотров за год: 1. Цитирований: 4 (РИНЦ).We schedule the computer technology for present the engineer psychology tests which reveal probationer men which may hasten the logic task solution by simultaneous execution several standard logic operations. These tests based on the theory of two logic task kinds: in first kind the parallel logic is effectively, and in second kind it is not effectively. The realize experiment confirms the capability parallel logic for impotent part of people. The vital speedup execution of logic operations is very uncommon in simultaneous logic. The efficacy of methodic is confirmed.
Журнал индексируется в Scopus
Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU
Журнал входит в систему Российского индекса научного цитирования.
Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science
Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"