Все выпуски
- 2020 Том 12
- 2019 Том 11
- 2018 Том 10
- 2017 Том 9
- 2016 Том 8
- 2015 Том 7
- 2014 Том 6
- 2013 Том 5
- 2012 Том 4
- 2011 Том 3
- 2010 Том 2
- 2009 Том 1
- Просмотров за год: 1.
- Просмотров за год: 36.
- Просмотров за год: 20.
- Просмотров за год: 20.
-
Специфичность контактов в комплексах белок-ДНК
Компьютерные исследования и моделирование, 2009, т. 1, № 3, с. 281-286С помощью разбиения Вороного–Делоне определены контакты между белками и нуклеиновыми кислотами в комплексах белок-ДНК. Показано, что приблизительно треть всех контактов составляют контакты с положительно заряженными аминокислотами Arg и Lys, 32,3 %. Ser и Thr дают в сумме следующий по величине вклад - 15 %. Asn образует 6 % контактов, также как и Gly. Вклад каждой из остальных аминокислот не превышает 5 %. Установлено, что статистически значимыми являются контакты типа Asp-G, Trp-C, Glu-C, Asp-C и His-T. Предложен общий механизм участия отрицательно заряженных остатков в специфических взаимодействиях белок-ДНК.
Ключевые слова: разбиение Вороного–Делоне, комплексы белок-ДНК.Просмотров за год: 2. -
Математические методы анализа электрофоретических картин расщепления ДНК
Компьютерные исследования и моделирование, 2009, т. 1, № 3, с. 287-295Просмотров за год: 3. Цитирований: 1 (РИНЦ).При анализе картин электрофореза высокого разрешения необходимо учитывать позиционный эффект — зависимость интенсивности полосы от ее положения в геле. Оценки зависимости относительных частот разрывов межнуклеотидных связей от типа нуклеотидов, получаемые при анализе картин расщепления фрагментов молекул ДНК, производились при помощи методов: а) линейно скользящего среднего; б) описания функции позиционной зависимости полиномом третьей степени. Анализ расщепления последовательностей ДНК при помощи линейно скользящего среднего позволил установить относительные частоты разрывов связей во всех 16 динуклеотидах, встречающихся в последовательности ДНК.
-
Управление динамикой кинка модифицированного уравнения синус-Гордона внешним воздействием с меняющимися параметрами
Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 5, с. 821-834В работе представлены результаты, подтверждающие возможность управления движением кинка модифицированного уравнения синус-Гордона внешним воздействием с изменяющимися параметрами. Рассмотрены три типа внешних воздействий: постоянное, периодическое с постоянной частотой и периодическое частотно-модулированное. С использованием метода Мак-Лафлина–Скотта получены зависимости координаты и скорости кинка от времени при разных значениях параметров внешнего воздействия. Показано, что изменяя параметры, можно регулировать скорость и направление движения кинка.
Ключевые слова: уравнение синус-Гордона, солитоны, кинки, управление динамикой кинка, нелинейная динамика ДНК.Просмотров за год: 2. Цитирований: 4 (РИНЦ). -
Структурная модель флуоресцентных кластеров золота и серебра
Компьютерные исследования и моделирование, 2015, т. 7, № 2, с. 263-269Просмотров за год: 2. Цитирований: 1 (РИНЦ).Данная работа посвящена систематическому исследованию равновесных конфигураций кластеров золота и серебра размером от 2 до 9 атомов. Для найденных самых низких по энергии конфигураций проводится расчет электронных спектров возбуждения. Все расчеты проводятся в рамках теории функционала плотности (ТФП) с использованием гибридного функционала B3LYP и псевдопотенциала LANL2DZ. На основании анализа полученных электронных спектров возбуждения делается попытка подтвердить предположение, что небольшие кластеры серебра и золота, способные к люминесценции, могут образовываться только в присутствии стабилизирующей матрицы. Авторы показывают, что без стабилизации в растворе образуются «плоские» и «сферические» конфигурации, спектры которых не соответствуют экспериментальным спектрам возбуждения люминесценции для комплексов «ДНК-кластер».
Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU
Журнал входит в систему Российского индекса научного цитирования.
Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00.
Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"
Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science
Журнал индексируется в Scopus