Специфичность контактов в комплексах белок-ДНК

 pdf (144K)

С помощью разбиения Вороного–Делоне определены контакты между белками и нуклеиновыми кислотами в комплексах белок-ДНК. Показано, что приблизительно треть всех контактов составляют контакты с положительно заряженными аминокислотами Arg и Lys, 32,3 %. Ser и Thr дают в сумме следующий по величине вклад - 15 %. Asn образует 6 % контактов, также как и Gly. Вклад каждой из остальных аминокислот не превышает 5 %. Установлено, что статистически значимыми являются контакты типа Asp-G, Trp-C, Glu-C, Asp-C и His-T. Предложен общий механизм участия отрицательно заряженных остатков в специфических взаимодействиях белок-ДНК.

Ключевые слова: разбиение Вороного–Делоне, комплексы белок-ДНК
Цитата: Анашкина А.А., Есипова Н.Г., Кузнецов Е.Н., Туманян В.Г. Специфичность контактов в комплексах белок-ДНК // Компьютерные исследования и моделирование, 2009, т. 1, № 3, с. 281-286
Citation in English: Anashkina A.A., Esipova N.G., Kuznetsov E.N., Tumanyan V.G. Contact specificity in protein-DNA complexes // Computer Research and Modeling, 2009, vol. 1, no. 3, pp. 281-286

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00, 03.01.00, 03.02.00.
 

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science