Эффект возбуждения подкритических колебаний в стохастических системах с запаздыванием. Часть I. Регуляция экспрессии генов

 pdf (606K)  / Аннотация

Список литературы:

  1. Д. А. Брацун, А. П. Захаров. Моделирование пространственно-временной динамики циркадианных ритмов Neurospora crassa // Компьютерные исследования и моделирование. — 2011. — Т. 3, № 2. — С. 191–213. — DOI: 10.20537/2076-7633-2011-3-2-191-213.
  2. Д. А. Брацун, А. В. Зюзгин, К. В. Половинкин, Г. Ф. Путин. Об активном управлении равновесием жидкости в термосифоне // ПЖТФ. — 2008. — Т. 34, № 15. — С. 36–42.
  3. К. В. Гардинер. Стохастические методы в естественных науках. — М: Мир, 1986. — 512 с.
  4. С. А. Гурли, Дж. В.-Х. Соу, Дж. Х. Ву. Нелокальные уравнения реакции-диффузии с запаздыванием: биологические модели и нелинейная динамика / Труды международной конференции по дифференциальным и функционально-дифференциальным уравнениям ICM-2002. — М: МАИ, 2003. — Т. 1. — С. 84–120. — Москва, МАИ, 11–17 августа, 2002 г.
  5. Ю. Л. Климонтович. Нелинейное броуновское движение // УФН. — 1994. — Т. 164, № 8. — С. 811–844.
  6. Э. А. Коддингтон, Н. Левинсон. Теория обыкновенных дифференциальных уравнений. — М: Иностранная литература, 1958. — 475 с.
  7. Дж. Мюррей. Математическая биология. — Введение. — ИКИ–РХД, 2009. — Т. 1. — 774 с.
  8. Ю. М. Романовский, Н. В. Степанова, Д. С. Чернавский. Математическое моделирование в биофизике. — М.–И: Институт компьютерных исследований, 2003. — 403 с.
  9. Р. Л. Стратонович. Избранные вопросы теории флюктуаций в радиотехнике. — М: Советское Радио, 1961. — 558 с.
  10. Р. Т. Янушевский. Управление объектами с запаздыванием. — М: Наука, 1978. — 416 с.
  11. R. Benzi, A. Sutera, A. Vulpiani. The Mechanism of Stochastic Resonance // J. Phys. A. — 1981. — V. 14. — P. 453–457. — DOI: 10.1088/0305-4470/14/11/006. — MathSciNet: MR0633455.
  12. D. Bratsun, D. Volfson, J. Hasty, L. Tsimring. Delay-induced stochastic oscillations in gene regulation // PNAS. — V. 2005, no. 41. — P. 14593–14598. — DOI: 10.1073/pnas.0503858102.
  13. D. Bratsun, D. Volfson, J. Hasty, L. Tsimring. Non-Marcovian processes in Gene Regulation / Noise in Complex Systems and Stochastic Dynamics III. — 2005. — P. 210–219. — edited by Laszlo B. Kish, Katja Lindenberg, Zoltan Gingl. — ads: 2005SPIE.5845..210B.
  14. D. A. Bratsun. Effect of unsteady forces on the stability of non-isothermal particulate flow under finitefrequency vibrations // Microgravity Sci. Technol. — 2009. — V. 21. — P. 153–158. — DOI: 10.1007/s12217-009-9136-6. — ads: 2009MicST..21..153B.
  15. D. Denault, J. Loros, J. Dunlap. WC-2 mediates WC-1–FRQ interaction within the PAS protein-linked circadian feedback loop of Neurospora // EMBO J. — 2001. — V. 20. — P. 109–117. — DOI: 10.1093/emboj/20.1.109.
  16. M. B. Elowitz, S. Leibler. A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators // Nature. — 2000. — V. 403. — P. 335–338. — DOI: 10.1038/35002125. — ads: 2000Natur.403..335E.
  17. D. T. Gillespie. Exact stochastic simulation of coupled chemical reactions // J. Phys. Chem. — 1977. — V. 81. — P. 2340–2361. — DOI: 10.1021/j100540a008.
  18. D. Goldobin, M. Rosenblum, A. Pikovsky. Coherence of noisy oscillators with delayed feedback // Physica A. — 2003. — V. 327. — P. 124–128. — DOI: 10.1016/S0378-4371(03)00463-1. — ads: 2003PhyA..327..124G.
  19. S. Guillouzic, I. L'Heureux, A. Longtin. Small delay approximation of stochastic delay differential equations // Phys. Rev. E. — 1999. — V. 59. — P. 3970–3982. — DOI: 10.1103/PhysRevE.59.3970. — ads: 1999PhRvE..59.3970G.
  20. J. Hasty, J. J. Collins. Translating the noise // Nature Genetics. — 2002. — V. 31. — P. 13–14. — DOI: 10.1038/ng0502-13.
  21. J. Hasty, M. Dolnik, D. McMillen, J. J. Collins. Designer gene networks: Towards fundamental cellular control // Chaos. — 2001. — V. 11. — P. 207–220. — DOI: 10.1063/1.1345702. — ads: 2001Chaos..11..207H.
  22. J. Houlihan, D. Goulding, Th. Busch, C. Masoller, G. Huyet. Experimental Investigation of a Bistable System in the Presence of Noise and Delay // Phys. Rev. Lett. — 2004. — V. 92. — P. 050601–050605. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.92.050601. — ads: 2004PhRvL..92e0601H.
  23. D. Huber, L. S. Tsimring. Cooperative dynamics in a network of stochastic elements with delayed feedback // Phys. Rev. E. — 2005. — V. 71. — P. 036150–036165. — DOI: 10.1103/PhysRevE.71.036150. — MathSciNet: MR2135712. — ads: 2005PhRvE..71c6150H.
  24. T. B. Kepler, C. Elston. Stochasticity in transcriptional regulation: origins, consequences, and mathematical representations // Biophys. J. — 2001. — V. 81. — P. 3116–3136. — DOI: 10.1016/S0006-3495(01)75949-8.
  25. J. Losson, M. C. Mackey. Evolution of probability densities in stochastic coupled map lattices // Phys. Rev. E. — 1995. — V. 52. — P. 1403–1417. — DOI: 10.1103/PhysRevE.52.1403. — MathSciNet: MR1388466. — ads: 1995PhRvE..52.1403L.
  26. T. Ohira, T. Yamane. Delayed stochastic systems // Phys. Rev. E. — 2000. — V. 61. — P. 1247–1257. — DOI: 10.1103/PhysRevE.61.1247. — ads: 2000PhRvE..61.1247O.
  27. J. Paulsson, O. G. Berg, M. Ehrenberg. Stochastic focusing: Fluctuation-enhanced sensitivity of intracellular regulation // PNAS. — 2000. — V. 97. — P. 7148–7153. — DOI: 10.1073/pnas.110057697. — ads: 2000PNAS...97.7148P.
  28. A. H. Pawlik, A. Pikovsky. Control of oscillators coherence by multiple delayed feedback // Physics Letters A. — 2006. — V. 358. — P. 181–185. — DOI: 10.1016/j.physleta.2006.05.013. — ads: 2006PhLA..358..181P.
  29. A. Prindle. Optimization of a Gene Oscillator using Transcriptional Time Delay. — Pasadena: California Institute of Technology, 2009. — Senior thesis, Sup. R. Murrey.
  30. C. V. Rao, A. P. Arkin. Stochastic chemical kinetics and the quasi-steady-state assumption: Application to the Gillespie algorithm // J. Chem. Phys. — 2003. — V. 118. — P. 4999–5010. — DOI: 10.1063/1.1545446. — ads: 2003JChPh.118.4999R.
  31. N. Rosenfeld, J. W. Young, U. Alon, P. S. Swain, M. B. Elowitz. Gene regulation at the single-cell level // Science. — 2005. — V. 307. — P. 1962–1965. — DOI: 10.1126/science.1106914. — ads: 2005Sci...307.1962R.
  32. D. F. Russell, L. A. Wilkens, F. Moss. Use of behavioural stochastic resonance by paddle fish for feeding // Nature. — 1999. — V. 402. — P. 291–294. — DOI: 10.1038/46279. — ads: 1999Natur.402..291R.
  33. K. Sriram, M. S. Gopinathan. A two variable delay model for the circadian rhythm of Neurospora crassa // J. Theor. Biol. — 2004. — V. 231. — P. 23–38. — MathSciNet: MR2107548.
  34. P. Swain, M. Elowitz, E. Siggia. Intrinsic and Extrinsic contributions to stochasticity in gene expression // PNAS. — 2002. — V. 99. — P. 12795–12800. — DOI: 10.1073/pnas.162041399. — ads: 2002PNAS...9912795S.
  35. L. S. Tsimring, A. Pikovsky. Noise-induced dynamics in bistable systems with delay // Phys. Rev. Lett. — 2001. — V. 87. — P. 2506021–2506024. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.87.250602.

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00.
 

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Журнал индексируется в Scopus