Биомеханика ДНК: вращательные колебания оснований

 pdf (27582K)  / Аннотация

Список литературы:

  1. S. W. Englander, N. R. Kallenbach, A. J. Heeger, J. A. Krumhansl, A. Litwin. Nature of the open state in long polynucleotide double helices: possibility of soliton excitations // Proc. Natl. Acad. Sci. — 1980. — V. 77. — P. 7222–7226. — DOI: 10.1073/pnas.77.12.7222. — ads: 1980PNAS...77.7222E.
  2. G. Gaeta. Solitons in planar and helicoidal Yakushevich model of DNA dynamics // Phys. Lett. A. — 1992. — V. 168. — P. 383–390. — ads: 1992PhLA..168..383G. — DOI: 10.1016/0375-9601(92)90523-O.
  3. E. Giudice, P. Várnai, R. Lavery. Base pair opening within B-DNA: free energy pathways for GC and AT pairs from umbrella sampling simulations // Nucleic Acids Res. — 2003. — V. 31. — P. 1434–1443. — DOI: 10.1093/nar/gkg239.
  4. S. Cuenda, Sánchez A.. . Disorder and fluctuations in nonlinear excitations in DNA // Fluctuation and Noise Letters. — 2004. — V. 4. — P. L491–L504. — DOI: 10.1142/S0219477504002099.
  5. M. Guéron, M. Kochoyan, J-L. Leroy. A single mode of DNA base-pair opening drives imino proton exchange // Nature. — 1987. — V. 328. — P. 89–92. — DOI: 10.1038/328089a0.
  6. S. Homma, S. Takeno. A coupled base-rotator model for structure and dynamics of DNA // Prog. Theor. Phys. — 1984. — V. 727. — P. 679–693. — DOI: 10.1143/PTP.72.679. — ads: 1984PThPh..72..679H. — MathSciNet: MR0772719.
  7. A. Krueger, E. Protozanova, M. Frank-Kamenetskii. Sequence-dependent basepair opening in DNA double helix // Biophys. J. — 2006. — V. 90. — P. 3091–3099. — DOI: 10.1529/biophysj.105.078774.
  8. A. Lebrun, R. Lavery. Modeling the mechanics of a DNA oligomer // J. Biomol. Struct. Dynam. — 1998. — V. 16. — P. 593–604. — DOI: 10.1080/07391102.1998.10508272.
  9. R. L. Ornstein, R. D. Rein, L. Breen, R. D. Macelroy. An optimized potential function for the calculation of nucleic acid interaction energies I. Base stacking // Biopolymers. — 1978. — V. 17. — P. 2341–2360. — DOI: 10.1002/bip.1978.360171005.
  10. C. Prévost, M. Takahashi, R. Lavery. Deforming DNA: from physics to biology // R. Chem. Phys. Chem. — 2009. — V. 13. — P. 1399–1404.
  11. M. Salerno. Discrete Model for DNA-Promoter Dynamics // Phys. Rev. A. — 1991. — V. 44. — P. 5292–5297. — MathSciNet: MR1133848. — DOI: 10.1103/PhysRevA.44.5292. — ads: 1991PhRvA..44.5292S.
  12. P. Varnai, R. Lavery. Modeling DNA deformation / dans Computational Studies of DNA and RNA. — Springer Verlag, 2006. — P. 169–210. — Lankas F., Sponer J.(eds.).
  13. L. V. Yakushevich. Theoretical physics of DNA: new ideas and tendencies in the modeling of the DNA nonlinear dynamics // EJTP. — 2007. — V. 4. — P. 97–114.
  14. L. V. Yakushevich, S. Gapa, J. Awrejcewicz. Mechanical analog of the DNA base pair oscillations / Dynamical Systems – Theory and Applications. — Lodz: Left Grupa, 2009. — P. 879–886. — edited by Awrejcewicz J., Kazmierczak M., Olejnik P., Mrozowski J.
  15. L.V. Yakushevich, A.V. Savin, L. I. Manevitch. On the internal dynamics of topological solitons in DNA // Phys. Rev. E. — 2002. — V. 66. — 016614. — DOI: 10.1103/PhysRevE.66.016614. — MathSciNet: MR1919757. — ads: 2002PhRvE..66a6614Y.
  16. S. Yomosa. Soliton excitations in deoxyribonucleic acid (DNA) double helices // Phys. Rev. A. — 1983. — V. 27. — P. 2120–2125. — DOI: 10.1103/PhysRevA.27.2120. — MathSciNet: MR0700064. — ads: 1983PhRvA..27.2120Y.
  17. Ch.-T. Zhang. Soliton excitations in deoxyribonucleic acid (DNA) double helices // Phys. Rev. A. — 1987. — V. 35. — P. 886–891. — DOI: 10.1103/PhysRevA.35.886. — MathSciNet: MR0870770. — ads: 1987PhRvA..35..886Z.
  18. Л. В. Якушевич, Л. А. Краснобаева, А. В. Шаповалов, N. Quintero. Одно- и двухсолитонные решения уравнения синус-Гордона в приложении к ДНК // Биофизика. — 2005. — Т. 50. — С. 450–455.
  19. Л. В. Якушевич. Нелинейная физика ДНК. — Москва–Ижевск: РХД, 2007.
  20. Л. В. Якушевич, Л. А. Краснобаева. Влияние диссипации и внешнего поля на динамику локальных конформационных возмущений в ДНК // Биофизика. — 2007. — Т. 52. — С. 237–243.
  21. Л. В. Якушевич, Л. А. Краснобаева. Особенности динамики кинка в неоднородной ДНК // Биофизика. — 2008. — Т. 53. — С. 36–41.

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00.
 

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Журнал индексируется в Scopus