Система хранения профилей физических свойств ДНК на примере промоторов Escherichia coli

 pdf (570K)

В данной работе нами представлена база данных, спроектированная для хранения профилей физических свойств вдоль двойной спирали ДНК, и продемонстрировано ее использование для хранения, поиска и анализа промоторных последовательностей E. coli. Отличительным свойством предложенной базы данных является то, что весь профиль хранится как единый объект, который с точки зрения СУБД полностью подобен строке или числу. Такие объекты СУБД может сравнивать друг с другом и осуществлять быструю выборку на основании индексов. В базу данных загружена информация о 1227 известных промоторах. Для каждого промотора сохранена нуклеотидная последовательность, а также вычислен и загружен в базу профиль электростатического потенциала промоторной ДНК. Кроме того, каждый промотор связан с генами, транскипцию которых он регулирует, а также с записями о сайтах посадки транскрипционных факторов, влияющих на функционирование промотора. Организован доступ к базе данных через интернет; исходные коды доступны для скачивания, а содержимое базы данных может быть выслано авторами по запросу.

Ключевые слова: E. coli, электростатический потенциал ДНК, базы данных, анализ сигналов
Цитата: Темлякова Е.А., Джелядин Т.Р., Камзолова С.Г., Сорокин А.А. Система хранения профилей физических свойств ДНК на примере промоторов Escherichia coli // Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 3, с. 443-450
Citation in English: Temlyakova E.A., Dzhelyadin T.R., Kamzolova S.G., Sorokin A.A.
System to store DNA physical properties profiles with application to the promoters of Escherichia coli
// Computer Research and Modeling, 2013, vol. 5, no. 3, pp. 443-450

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00.
 

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Журнал индексируется в Scopus