Моделирование конформационного перехода в фотосинтетическом реакционном центре бактерии Rb. sphaeroides

 pdf (2637K)

Методом квантово-химического моделирования исследован возможный конформационный переход в локальном окружении первичного хинона в фотосинтетическом реакционном центре (РЦ) бактерии Rhodobacter sphaeroides, сопровождающий процесс переноса электрона. Исходя из представления о наличии двух устойчивых конформационных состояний РЦ, предложена кинетическая модель, хорошо описывающая экспериментальные температурные зависимости скорости реакции рекомбинации P+QA- → PQA. Результаты квантово-химического моделирования сайта связывания первичного хинона позволяют предложить на роль указанного конформационного изменения небольшое смещение кольца убихинона, приводящее к разрыву водородной связи, образуемой 4–C=O группой убихинона с гистидином M219, и образованию новой водородной связи с гидроксильной группой треонина M222. Значения параметров модели, полученные с помощью квантово-химических расчетов, качественно согласуются со значениями параметров кинетической модели, используемых для описания реакции рекомбинации.

Ключевые слова: Rhodobacter sphaeroides, фотосинтетический центр, конформационный переход, реакция рекомбинации
Цитата: Мамонов П.А., Красильников П.М., Нокс П.П., Рубин А.Б. Моделирование конформационного перехода в фотосинтетическом реакционном центре бактерии Rb. sphaeroides // Компьютерные исследования и моделирование, 2009, т. 1, № 4, с. 437-448
Citation in English: Mamonov P.A., Krasilnikov P.M., Knox P.P., Rubin A.B. Modelling of conformational change within photosynthetic reaction center of Rb. sphaeroides bacteria // Computer Research and Modeling, 2009, vol. 1, no. 4, pp. 437-448

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00, 03.01.00, 03.02.00.
 

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science