Текущий выпуск Номер 5, 2024 Том 16

Все выпуски

Результаты поиска по 'sequence effects on DNA structure':
Найдено статей: 1
  1. publication_info"> Нечипуренко Ю.Д., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Головкин М.В., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л.
    Конформационно-динамические свойства ДНК и подходы к физическому картированию генома
    Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 4, с. 419-428

    Ранее нами был предложен и развит метод исследования ДНК, основанный на расщеплении двунитевых фрагментов ДНК под действием ультразвука. Были получены относительные частоты расщепления фосфодиэфирной связи во всех 16 динуклеотидах. Увеличение базы проанализированных данных до 20 тысяч нуклеотидов позволил получить относительные частоты расщепления для 256 тетрануклеотидов. Эти величины количественно характеризуют влияние последовательности нуклеотидов на конформационную динамику сахарофосфатного остова. Сейчас известны определённые типы гетерогенности сахарофосфатного остова ДНК, связанные с расщеплением ДНК различными химическими агентами или ДНКазой 1. Гетерогенность свойств молекулы ДНК может быть использована для физического картирования генома, то есть определения участков, отвечающих за регуляцию генетический экспрессии.

    Ключевые слова: ультразвуковое расщепление ДНК, динамика молекулы ДНК, подвижность молекулы ДНК, d(CpG) динуклеотид.
    publication_info"> Nechipurenko Y.D., Nechipurenko D.Y., Il’icheva I.A., Golovkin M.V., Panchenko L.A., Polozov R.V., Grokhovsky S.L.
    DNA conformational dynamics: approach to the physical mapping of genome
    Computer Research and Modeling, 2010, v. 2, no. 4, pp. 419-428

    Recently we have developed a new method for studying DNA based on ultrasound - induced cleavage of DNA sugar-phosphate backbone. Relative cleavage rates of the phosphodiester bonds in all 16 dinucleotides have been determined. The increased amount of data sampling (of more than 20 000 nucleotides) made it also possible to obtain cleavage rates in all 256 possible tetranucleotides. These values quantitatively characterize sequence effects on conformational dynamics of DNA sugar phosphate backbone. Same type of DNA heterogeneity have been discovered and studied using its chemical cleavage induced by various chemical agents and DNAse I. The presence of essential heterogeneity in structural properties of DNA might be a key for physical mapping of the genomes, i.e. determining the structural profiles being responsible for DNA recognition by gene expression regulation machinery.

    Keywords: ultrasonic cleavage of DNA, sequence effects on DNA structure, DNA flexibility, d(CpG) dinucleotide.
    Просмотров за год: 2. Цитирований: 2 (РИНЦ).

Журнал индексируется в Scopus

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в систему  Российского индекса научного цитирования.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Copyright © 2009–2024 Институт компьютерных исследований