Все выпуски

Список литературы:

1. А. А. Гриневич, Л. В. Якушевич. О моделировании движения транскрипционного пузыря под действием постоянного торсионного момента // Биофизика. — 2016. — Т. 61, № 4. — С. 638–646.
   • A. A. Grinevich, L. V. Yakushevich. On the modeling of the motion of a transcription buble under constant torque // Biophysics. — 2016. — V. 61, no. 4. — P. 539–546. — DOI: 10.1134/S0006350916040126.
   • A. A. Grinevich, L. V. Yakushevich. O modelirovanii dvijeniya transkripcionnogo puzirya pod deistviem postoyannogo torsionnogo momenta // Biofizika. — 2016. — V. 61, no. 4. — P. 638–646. — Original Russian paper.
2. Ф. К. Закирьянов, Л. В. Якушевич. Управление динамикой кинка модифицированного уравнения синус-Гордона внешним воздействием с меняющимися параметрами // Компьютерные исследования и моделирование. — 2013. — Т. 5, № 5. — С. 821–834. — DOI: 10.20537/2076-7633-2013-55-5-821-834
   • F. K. Zakiryanov, L. V. Yakushevich. Control of the dynamics of the kink of the modified sine-Gordon equation by the external exposure with varying parameters // Computer Research and Modeling. — 2013. — V. 5, no. 5. — P. 821–834. — in Russian. — DOI: 10.20537/2076-7633-2013-55-5-821-834
3. Л. В. Якушевич, В. Н. Балашова, Ф. К. Закирьянов. О движении кинка ДНК под действием постоянного торсионного момента // Математическая биология и биоинформатика. — 2016. — Т. 11, № 1. — С. 81–90.
   • L. V. Yakushevich, V. N. Balashova, F. K. Zakiryanov. On the DNA kink motion under the action of constant torque // Mathematical Biology and Bioinformatics. — 2016. — V. 11, no. 1. — P. 81–90. — in Russian. — DOI: 10.17537/2016.11.81.
4. Л. В. Якушевич, Л. А. Краснобаева, А. В. Шаповалов, Н. Р. Кинтеро. Одно- и двухсолитонные решения уравнения синус-Гордона в приложении к ДНК // Биофизика. — 2005. — Т. 50, № 3. — С. 450–455.
   • L. V. Yakushevich. , Krasnobaeva L. A., Shapovalov A. V., Quintero N. R. One- and two-soliton solutions of the sine-Gordon equationas applied to DNA // Biophysics. — 2005. — V. 50, no. 3. — P. 404–409.
   • L. V. Yakushevich, L. A. Krasnobaeva, Shapovalov A. V. et al. Odno- i dvuhsolitonnie resheniya uravneniya sinus-Gordon v prilojenii v DNK // Biofizika. — 2005. — V. 50, no. 3. — P. 450–455. — Original Russian paper.
5. Л. В. Якушевич, Л. А. Кpаcнобаева. Особенности динамки кинка в неоднородной ДНК // Биофизика. — 2008. — Т. 53, № 1. — С. 36–41.
   • L. V. Yakushevich, L. A. Krasnobaeva. Peculiar features of kink dynamics in inhomogeneous DNA // Biophysics. — 2008. — V. 53, no. 1. — P. 21–25. — DOI: 10.1134/S0006350908010041. — MathSciNet: MR2451388.
   • L. V. Yakushevich, L. A. Krasnobaeva. Osobennosti dinamiki kinka v neodnorodnoi DNK // Biofizika. — 2008. — V. 53, no. 1. — P. 36–41. — Original Russian paper.
6. Л. В. Якушевич, Л. А. Кpаcнобаева. Вынужденные колебания оснований ДНК // Биофизика. — 2016. — Т. 61, № 2. — С. 286–296.
   • L. V. Yakushevich, L. A. Krasnobaeva. Forced Oscillations of DNA bases // Biophysics. — 2016. — V. 61, no. 1. — P. 286–296.
   • L. V. Yakushevich, L. A. Kpacnobaeva. Vinujdennie kolebaniya osnovanii DNK // Biofizika. — 2016. — V. 61, no. 2. — P. 286–296. — Original Russian paper.
7. D. L. Beveridge, T. E. Cheatham, M. Mezei. The ABCs of molecular dynamics simulations on B-DNA // J. Biosci. — 2012. — V. 37, no. 3. — P. 379–397. — DOI: 10.1007/s12038-012-9222-6.
8. M. Cadoni, R. De Leo, S. Demelio, G. Gaeta. Propagation of twist solitons in real DNA chains // Journal of Nonlinear Mathematical Physics. — 2010. — V. 17, no. 4. — P. 557–569. — DOI: 10.1142/S1402925110001069. — MathSciNet: MR2771192. — ads: 2010JNMP...17..557C.
9. S. W. Englander, N. R. Kallenbach, Heeger A. J. et al. Nature of the open state in long polynucleotide double helices: possibility of soliton excitations // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1980. — V. 77, no. 12. — P. 7222–7226. — DOI: 10.1073/pnas.77.12.7222. — ads: 1980PNAS...77.7222E.
10. N. Foloppe, M. Guéroult, B. Hartmann. Simulating DNA by molecular dynamics: aims, methods, and validation // Methods Mol. Biol. — 2013. — V. 924. — P. 445–468. — DOI: 10.1007/978-1-62703-017-5_17.
11. R. Galindo-Murillo, D. R. Roe, T. E. Cheatham. Convergence and reproducibility in molecular dynamics simulations of the DNA duplex d(GCACGAACGAACGAACGC) // Biochim. Biophys. Acta. — 2015. — V. 1850, no. 5. — P. 1041–1058. — DOI: 10.1016/j.bbagen.2014.09.007.
12. G. Gaeta. Solitons in the Yakushevich model of DNA beyond the contact approximation // Phys. Rev. E. — 2006. — V. 74, no. 2. — 021921. — DOI: 10.1103/PhysRevE.74.021921. — MathSciNet: MR2280413. — ads: 2006PhRvE..74b1921G.
13. L. A. Krasnobaeva, L. V. Yakushevich. Rotational dynamics of bases in the gene coding interferon alpha 17 (IFNA17) // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. — 2015. — V. 13, no. 1. — 1540002. — 13 p. — DOI: 10.1142/S0219720015400028.
14. D. R. Langley. Molecular dynamic simulations of environment and sequence dependent DNA conformations: the development of the BMS nucleic acid force field and comparison with experimental results // J. Biomol. Struct. Dyn. — 1998. — V. 16, no. 3. — P. 487–509. — DOI: 10.1080/07391102.1998.10508265.
15. D. W. McLaughlin, A. C. Scott. Perturbation analysis of fluxion dynamics // Phys. Rev. A. — 1978. — V. 18, no. 4. — P. 1652–1680. — DOI: 10.1103/PhysRevA.18.1652. — ads: 1978PhRvA..18.1652M.
16. V. Muto, P. S. Lomdahl, P. L. Christiansen. Two-dimensional discrete model for DNA dynamics: longitudinal wave propagation and denaturation // Phys. Rev. A. — 1990. — V. 42, no. 12. — P. 7452–7458. — DOI: 10.1103/PhysRevA.42.7452. — ads: 1990PhRvA..42.7452M.
17. M. Peyrard, A. R. Bishop. Statistical mechanics of a nonlinear model for DNA denaturation // Phys. Rev. Lett. — 1989. — V. 62, no. 23. — P. 2755–2758. — DOI: 10.1103/PhysRevLett.62.2755. — ads: 1989PhRvL..62.2755P.
18. M. Peyrard. Nonlinear dynamics and statistical physics of DNA // Nonlinearity. — 2004. — V. 17, no. 2. — DOI: 10.1088/0951-7715/17/2/R01. — MathSciNet: MR2039047.
19. M. Peyrard, Th. Dauxois. Can we model DNA at the mesoscale? // Physics of Life Reviews. — 2014. — V. 11, no. 2. — P. 173–175. — DOI: 10.1016/j.plrev.2014.03.008. — MathSciNet: MR3642602. — ads: 2014PhLRv..11..173P.
20. S. Takeno, S. Homma. Topological Solitons and Modulated Structure of Bases in DNA Double Helices: A Dynamic Plane Base-Rotator Model // Prog. Theor. Phys. — 1983. — V. 70, no. 1. — P. 308–311. — DOI: 10.1143/PTP.70.308. — ads: 1983PThPh..70..308T.
21. N. Peyrard M. Theodorakopoulos. Base pair openings and temperature dependence of DNA flexibility // Phys. Rev. Lett. — 2012. — V. 108, no. 7. — P. 078104. — ads: 2012PhRvL.108g8104T.
22. L. V. Yakushevich. Nonlinear Physics of DNA. — Wiley, 2004.
23. S. Yomosa. Soliton excitations in deoxyribonucleic acid (DNA) double helices // Phys. Rev. A. — 1983. — V. 27, no. 4. — P. 2120–2125. — DOI: 10.1103/PhysRevA.27.2120. — MathSciNet: MR0700064. — ads: 1983PhRvA..27.2120Y.
24. F. K. Zakiryanov, N. R. Daukaev, L. V. Yakushevich. Conformational transitions control in polynucleotide chains by external frequency-modulated exposure // Materials Science Forum. — 2016. — V. 845. — P. 199–202. — DOI: 10.4028/www.scientific.net/MSF.845.199.