Все выпуски

[ Switch to English ]

Молекулярно-динамическое исследование комплексов ДНК-аптамера с АМФ и ГМФ

Рамазанов Р.Р., Соколов П.А.
 pdf (4787K)

В данной работе при помощи метода молекулярной динамики проводится сравнительное исследование конформационной стабильности ДНК-аптамера к аденозиновым производным в свободном состоянии и в комплексе с молекулами АМФ и ГМФ. Показано, что в свободном состоянии структура внутренней петли шпильки ДНК-аптамера за счет особой упаковки гуанинов закрывает полость сайта связывания от внешних лигандов, при этомв озникает условие специфичного отбора молекул аденозинового производного в сравнении с гуанином. В дополнение к имеющимся в литературе выявлены новые факторы стабилизации комплекса АМФ и аптамера — водородные связи между О3’ атома рибозы лигандов с кислородом ближайшей фосфатной группы. Также показано, что гуанины, которые образуют водородные связи с АМФ внутри сайта связывания, дополнительно стабилизируются водородными связями с противолежащими по цепи фосфатными группами. Предложенная схема качественно соответствует экспериментальным данным, согласно которым аптамер в растворе обретает конформацию шпильки с формированием сайта связывания, при этом образованный сайт проявляет высокую специфичность при взаимодействии только с аденозиновыми производными.

Ключевые слова: молекулярная динамика, ДНК-аптамер, АМФ, молекулярное узнавание
Цитата: Рамазанов Р.Р., Соколов П.А. Молекулярно-динамическое исследование комплексов ДНК-аптамера с АМФ и ГМФ // Компьютерные исследования и моделирование, 2021, т. 13, № 6, с. 1191-1203
Citation in English: Ramazanov R.R., Sokolov P.A. Molecular dynamics study of complexes of a DNA aptamer with AMP and GMP // Computer Research and Modeling, 2021, vol. 13, no. 6, pp. 1191-1203
DOI: 10.20537/2076-7633-2021-13-6-1191-1203
URL: http://crm.ics.org.ru/journal/article/3151/
Creative Commons License Статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NoDerivs 3.0 Unported License.

Журнал индексируется в Scopus

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в систему  Российского индекса научного цитирования.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Copyright © 2009–2024 Институт компьютерных исследований