Текущий выпуск Номер 1, 2024 Том 16

Все выпуски

Результаты поиска по 'динамика ДНК':
Найдено статей: 17
  1. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2017, т. 9, № 5, с. 673-675
    Просмотров за год: 1.
  2. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2018, т. 10, № 4, с. 379-381
    Просмотров за год: 36.
  3. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2018, т. 10, № 6, с. 733-735
    Просмотров за год: 20.
  4. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2019, т. 11, № 3, с. 363-365
    Просмотров за год: 20.
  5. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2020, т. 12, № 2, с. 259-261
  6. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2020, т. 12, № 6, с. 1261-1264
  7. От редакции
    Компьютерные исследования и моделирование, 2021, т. 13, № 6, с. 1097-1100
  8. Закирьянов Ф.К., Якушевич Л.В.
    Управление динамикой кинка модифицированного уравнения синус-Гордона внешним воздействием с меняющимися параметрами
    Компьютерные исследования и моделирование, 2013, т. 5, № 5, с. 821-834

    В работе представлены результаты, подтверждающие возможность управления движением кинка модифицированного уравнения синус-Гордона внешним воздействием с изменяющимися параметрами. Рассмотрены три типа внешних воздействий: постоянное, периодическое с постоянной частотой и периодическое частотно-модулированное. С использованием метода Мак-Лафлина–Скотта получены зависимости координаты и скорости кинка от времени при разных значениях параметров внешнего воздействия. Показано, что изменяя параметры, можно регулировать скорость и направление движения кинка.

    Ключевые слова: уравнение синус-Гордона, солитоны, кинки, управление динамикой кинка, нелинейная динамика ДНК.
    Просмотров за год: 2. Цитирований: 4 (РИНЦ).
  9. Фиалко Н.С.
    Смешанный алгоритм расчета динамики переноса заряда в ДНК на больших временных интервалах
    Компьютерные исследования и моделирование, 2010, т. 2, № 1, с. 63-72

    Перенос заряда в ДНК моделируется с помощью дискретной модели Холстейна «квантовая частица + классическая цепочка сайтов + взаимодействие». Влияние температуры термостата учитывается с помощью случайной силы, действующей на классические сайты (уравнение Ланжевена). Таким образом, динамика распространения заряда вдоль цепочки описывается системой ОДУ со случайной правой частью. Для интегрирования таких систем обычно применяют алгоритмы 1 или 2 порядка. Мы разработали смешанный алгоритм, имеющий 4 порядок точности по быстрым «квантовым» переменным (заметим, что в «квантовой» подсистеме должно соблюдаться условие: «сумма вероятностей нахождения заряда на сайте постоянна по времени») и 2 порядок по медленным «классическим» переменным, на которые действует случайная сила. Алгоритм позволяет считать на бóльших временах, чем стандартные. В качестве примера приведен модельный расчет развала полярона в однородной цепочке под действием температурных флуктуаций.

    Ключевые слова: ДНК, модель Холстейна, уравнение Ланжевена, алгоритм интегрирования ОДУ со случайной правой частью.
    Просмотров за год: 2. Цитирований: 2 (РИНЦ).
  10. Рамазанов Р.Р., Соколов П.А.
    Молекулярно-динамическое исследование комплексов ДНК-аптамера с АМФ и ГМФ
    Компьютерные исследования и моделирование, 2021, т. 13, № 6, с. 1191-1203

    В данной работе при помощи метода молекулярной динамики проводится сравнительное исследование конформационной стабильности ДНК-аптамера к аденозиновым производным в свободном состоянии и в комплексе с молекулами АМФ и ГМФ. Показано, что в свободном состоянии структура внутренней петли шпильки ДНК-аптамера за счет особой упаковки гуанинов закрывает полость сайта связывания от внешних лигандов, при этомв озникает условие специфичного отбора молекул аденозинового производного в сравнении с гуанином. В дополнение к имеющимся в литературе выявлены новые факторы стабилизации комплекса АМФ и аптамера — водородные связи между О3’ атома рибозы лигандов с кислородом ближайшей фосфатной группы. Также показано, что гуанины, которые образуют водородные связи с АМФ внутри сайта связывания, дополнительно стабилизируются водородными связями с противолежащими по цепи фосфатными группами. Предложенная схема качественно соответствует экспериментальным данным, согласно которым аптамер в растворе обретает конформацию шпильки с формированием сайта связывания, при этом образованный сайт проявляет высокую специфичность при взаимодействии только с аденозиновыми производными.

    Ключевые слова: молекулярная динамика, ДНК-аптамер, АМФ, молекулярное узнавание.
Страницы: следующая

Журнал индексируется в Scopus

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в систему  Российского индекса научного цитирования.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Copyright © 2009–2024 Институт компьютерных исследований