Исследование механических свойств иммуноглобулинсвязывающих доменов белков L и G методом молекулярной динамики

 pdf (495K)  / Аннотация

Список литературы:

  1. E. Paci, M. Karplus. Unfolding Proteins by External Forces and Temperature: The Importance of Topology and Energetics // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 2000. — V. 97. — P. 6521–6526. — DOI: 10.1073/pnas.100124597. — ads: 2000PNAS...97.6521P.
  2. D. K. West, D. J. Brockwell, P. D. Olmsted, Sh. E. Radford, E. Paci. Mechanical Resistance of Proteins Explained Using Simple Molecular Models // Biophysical Journal. — 2006. — V. 90. — P. 287–297. — DOI: 10.1529/biophysj.105.071035. — ads: 2006BpJ....90..287W.
  3. D. K. West, P. D. Olmsted, E. Paci. Free Energy for Protein Folding from Nonequilibrium Simulations Using the Jarzynski Equality // The Journal of Chemical Physics. — 2006. — V. 125. — P. 204910–7. — DOI: 10.1063/1.2393232. — ads: 2006JChPh.125t4910W.
  4. J. Wang, А. Cieplak, P. A. Kollman. How Well a Restrained Electrostatic Potential (RESP) Model Perform in Calculating Conformational Energies of Organic and Biological Molecules? // J. Comp. Chem. — 2000. — V. 21. — P. 1049–1074. — DOI: 10.1002/1096-987X(200009)21:12<1049::AID-JCC3>3.0.CO;2-F.
  5. A. S. Lemak, N. K. Balabaev. A Comparison Between Collisional Dynamics and Brownian Dynamics // Mol. Simul. — 1995. — V. 15. — P. 223–231. — DOI: 10.1080/08927029508022336.
  6. A. S. Lemak, N. K. Balabaev. Molecular Dynamics Simulation of Polymer Chain in Solution by Collisional Dynamics Method // J. Comp. Chem. — 1996. — V. 17. — P. 1685–1695. — DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(19961130)17:15<1685::AID-JCC1>3.0.CO;2-L.
  7. M. P. Allen, D. J. Tildesley. Computer Simulation of Liquids. — Oxford: Clarendon, 1987. — MathSciNet: MR0932966.
  8. D. J. Brockwell, G. S. Beddard, E. Paci, D. K. West, P. D. Olmsted, D. A. Smith, S. E. Radford. Mechanically unfolding the small, topologically simple protein L // Biophys. J. — 2005. — V. 89, no. 1. — P. 506–519. — DOI: 10.1529/biophysj.105.061465.
  9. Y. Cao, H. Li. Polyprotein of GB1 is an ideal artificial elastomeric protein // Nature Mater. — 2007. — V. 6. — P. 109–114. — DOI: 10.1038/nmat1825. — ads: 2007NatMa...6..109C.
  10. Y. Cao, H. Li. How Do Chemical Denaturants Affect the Mechanical Folding and Unfolding of Proteins? // J. Mol. Biol. — 2008. — V. 375. — P. 316–324. — DOI: 10.1016/j.jmb.2007.10.024.
  11. J. Shimada, E. I. Shakhnovich. The Ensemble Folding Kinetics of Protein G from an All-Atom Monte Carlo Simulation // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 2002. — V. 99. — P. 11175–11180. — DOI: 10.1073/pnas.162268099. — ads: 2002PNAS...9911175S.
  12. Waldauer S. A., O. Bakajin, T. Ball, Y. Chen, S. J. Decamp, M. Kopka, M. Jäger, V. R. Singh, W. J. Wedemeyer, S. Weiss, S. Yao, L. J. Lapidus. Ruggedness in the folding landscape of protein L // HFSP Journal. — 2008. — V. 2. — P. 388–395. — DOI: 10.2976/1.3013702.

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00.
 

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Журнал индексируется в Scopus