Молекулярное моделирование липидных бислойных мембран

 pdf (2094K)  / Аннотация

Список литературы:

  1. A. Ligeza, A. N. Tikhonov, J. S. Hyde, W. K. Subczynski. Oxygen Permeability of Thylakoid. Membranes: Electron Paramagnetic Resonance Spin Labeling Study // Biochim. Biophys. Acta. — 1998. — no. 1365. — P. 453–463. — DOI: 10.1016/S0005-2728(98)00098-X.
  2. A. M. Smondyrev, M. L. Berkowitz. Molecular dynamics simulation of dipalmitoylphosphatidylcholine membrane with cholesterol sulfate // Biophys. J. — 2000. — V. 78. — P. 1672–1680.
  3. A. V. Nemukhin, B. L. Grigorenko, A. A. Granovsky. Molecular modeling by using the PC GAMESS program: From diatomic molecules to enzymes // Moscow University Chemistry Bulletin. — 2004. — V. 45, no. 2. — P. 75.
  4. A. W. L. Jay, S. Rowlands. The stages of osmotic haemolysis // J. Physiol. — 1975. — V. 252. — P. 817–832. — DOI: 10.1113/jphysiol.1975.sp011172.
  5. B. A. Lewis, D. M. Engelman. Lipid bilayer thickness varies linearly with acyl chain length in fluid phosphatidylcholine vesicles // J. Mol. Biol. — 1983. — V. 166, no. 2. — P. 211–217. — DOI: 10.1016/S0022-2836(83)80007-2.
  6. D. Van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, et. al. GROMACS user manual. — the Netherlands: Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, 1991–2000.
  7. E. Lindahl, B. Hess, D. van der Spoel. GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis // J. Mol. Mod. — 2001. — V. 7. — P. 306–317. — DOI: 10.1007/s008940100045.
  8. E. S. Smotkin, F. T. Moy, W. Z. Plachy. Dioxygen solubility in aqueous phosphatidylcholine dispersions // Biochimica et Biophysica Acta. — 1961. — V. 1061. — P. 33–38. — DOI: 10.1016/0005-2736(91)90265-A.
  9. G. M. Preston, T. P. Carroll, W. B. Guggino, P. Agre. Appearance of water channels in Xenopus oocytes expressing red cell CHIP28 protein // Science. — 1992. — V. 256. — P. 385–387. — DOI: 10.1126/science.256.5055.385. — ads: 1992Sci...256..385P.
  10. H. Davson, J. F. Danielli. The Permeability of Natural Membranes. — Cambridge: Cambridge University Press, 1952.
  11. H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel, R. van Drunen. A message-passing parallel molecular dynamics implementation // Comp. Phys. Comm. — 1995. — V. 91. — P. 43–56. — DOI: 10.1016/0010-4655(95)00042-E. — ads: 1995CoPhC..91...43B.
  12. I. Atwater, F. Bezanilla, J. Rojas. Sodium influxes in internally perfused squid giant axon during voltage clamp // J. Physiol. — 1969. — V. 201. — P. 657–664. — DOI: 10.1113/jphysiol.1969.sp008778.
  13. I. I. Ivanov, G. E. Fedorov, R. A. Gus’kova, K. I. Ivanov, A. B. Rubin. Permeability of lipid membranes to dioxygen // Biochem. and Biophys. Res. Communs. — 2004. — V. 322. — P. 746–750. — DOI: 10.1016/j.bbrc.2004.07.187.
  14. J. Strutwolf, J. Zhang, A. L. Barker, P. R. Unwin. Effect of Phospholipids on the Kinetics of Dioxygen Transfer Across a 1,2-Dichloroethane — AS A MATTER OF FAT. — Berlin, Heidelberg, Germany: Springer-Verlag, 2001.
  15. J. H. Ipsen, O. G. Mouritsen, M. Bloom. Relationships between lipid membrane area, hydrophobic thickness, and acyl-chain orientational order. The effects of cholesterol // Biophys. J. — 1957. — V. 90. — P. 405–412.
  16. M. C. Pitman, A. Grossfield, F. Suits, S. E. Feller. Role of cholesterol and polyunsaturated chains in lipid-protein interactions: Molecular dynamics simulation of rhodopsin in a realistic membrane environment // J. Am. Chem. Soc. — 2005. — V. 127. — P. 4576–4577. — DOI: 10.1021/ja042715y.
  17. M. C. Wiener, R. M. Suter, J. F. Nagle. Structure of the fully hydrated gel phase of dipalmitoylphosphatidylcholine // Biophys. J. — 1989. — V. 55, no. 2. — P. 315–325. — DOI: 10.1016/S0006-3495(89)82807-3.
  18. I. R. Miller. Energetics of fluctuation in Lipid Bilayer Thickness // Biophys. J. — 1984. — V. 45. — P. 643–644. — DOI: 10.1016/S0006-3495(84)84204-6.
  19. G. Mouritsen Ole. LIFE — AS A MATTER OF FAT. — Berlin, Heidelberg, Germany: Springer-Verlag, 2005.
  20. О. Kedem, А. Katchalsky. Thermodynamics analysis of the permeability of biological membranes to non-electrolytes // Biochim. Biophys. Acta. — 1958. — V. 27. — P. 229–246. — DOI: 10.1016/0006-3002(58)90330-5.
  21. P. Yager, W. L. Peticolas. Statistical mechanical parameters of Raman spectroscopic order parameter changes in pressure-induced lipid bilayer phase transitions // Biophys. J. — 1980. — V. 31. — P. 359–370. — DOI: 10.1016/S0006-3495(80)85064-8.
  22. R. Battino, F. Evans, W. Danforth. The solubilities of seven gases in olive oil with reference to theories of transport through the cell membrane // J. Am. Oil Chem. Soc. — 1968. — V. 45. — P. 830–833. — DOI: 10.1007/BF02540163.
  23. R. Benz, F. Conti. Effects of hydrostatic pressure on lipid bilayer membranes // Biophys. J. — 1986. — V. 50. — P. 91–98. — DOI: 10.1016/S0006-3495(86)83442-7.
  24. R. Ye, A. S. Verkman. Osmotic and diffusional water permeability measured simultaneously in cells and liposomes // Biochemistry. — 1989. — V. 28. — P. 824–829. — DOI: 10.1021/bi00436a018.
  25. R. A. Gus’kova, G. E. Fedorov, N. P. Belevich, V. V. Akhobadze, I. I. Ivanov. Effect of lipid monolayers on diffusion of oxygen through the air/water interface // Biophysics. — 2000. — V. 45. — P. 654–659.
  26. S. Ali, S. Minchey, A. Janoff, E. Mayhew. A differential scanning calorimetry study of phosphocholines mixed with paclitaxel and its bromoacylated taxanes // Biophys. J. — 2000. — V. 78, no. 1. — P. 246–256. — DOI: 10.1016/S0006-3495(00)76588-X.
  27. S. Fischkoff, J. M. Vanderkooi. Oxygen diffusion in biological and artificial membranes determined by the fluorochrome pyrene // J. Gen. Physsiol. — 1975. — V. 65. — P. 663–676. — DOI: 10.1085/jgp.65.5.663.
  28. S. Tristram-Nagle, Y. Liu, J. Legleiter, J. F. Nagle. Structure of Gel Phase DMPC Determined by X-Ray Diffraction // Biophys. J. — 2002. — V. 83. — P. 3324–3335. — DOI: 10.1016/S0006-3495(02)75333-2.
  29. S. J. Singer, G. L. Nicolson. The fluid mosaic model of the structure of cell membranes // Science. — 1972. — V. 175, no. 23. — P. 720–731. — DOI: 10.1126/science.175.4023.720. — ads: 1972Sci...175..720S.
  30. O. Stern. Zur Theorie der Elektrolytischen Doppelschicht // Z. Elektrochem. — 1924. — V. 30. — P. 508–516.
  31. W. K. Subczynski, J. S. Hyde. Diffusion of oxygen in water and hydrocarbons using an electron spin resonance spin label technique // Biophys. J. — 1984. — V. 45. — P. 743–748. — DOI: 10.1016/S0006-3495(84)84217-4.
  32. W. K. Subczynski, L. E. Hopwood, J. S. Hyde. Is the mammalian cell plasma membrane a barrier to oxygen transport? // J. Gen. Physiol. — V. 1992. — P. 69–87.
  33. Р. Б. Генис. Биомембраны. — М: Мир, 1997.
  34. И. И. Иванов, А. В. Локтюшкин, Р. А. Гуськова, Н. С. Васильев, Г. Е. Федоров, А. Б. Рубин. Кислородные каналы мембраны эритроцита // Доклады Академии наук. — 1998. — Т. 414, № 5. — С. 1–4.
  35. Л. Р. Хабибуллина, Р. Г. Ибрагимов, А. В. Коваль, В. П. Тутубалина. Исследование факторов, влияющих на растворимость воды в масле / Энергосбережение в городском хозяйстве, энергетике промышленности. — Материалы Четвертой Российской научно-технической конференции. — Ульяновск.
  36. В. А. Намиот. Дальние взаимодействия и движения макромолекул гидродинамического типа в мембране и жидкости // Биофизика. — 1986. — Т. XXXI, № 3. — С. 449–452.
  37. Л. Т. Влаев, С. Д. Гениева. Электротранспортные свойства ионов в растворах селенита натрия // Структурная химия. — 2004. — Т. 45, № 5. — С. 870–876.
  38. В. А. Шапошник. Кинетическая теория водных растворов электролитов // Вестник ВГУ. Серия: Химия. Биология. Фармация. — 2003. — Т. 2. — С. 81–85.

Полнотекстовая версия журнала доступна также на сайте научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU

Журнал входит в Перечень российских рецензируемых научных журналов, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук ВАК, группы специальностей: 01.01.00, 01.02.00.
 

Международная Междисциплинарная Конференция "Математика. Компьютер. Образование"

Международная Междисциплинарная Конференция МАТЕМАТИКА. КОМПЬЮТЕР. ОБРАЗОВАНИЕ.

Журнал включен в базу данных Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science

Журнал индексируется в Scopus